De plaats vertoont sporen van zeer vroege bewoning, onder meer verscheidene resten uit de Romeinse periode (villa, twee tumuli, een vroeg-christelijk graf met beschilderingen uit de 4de eeuw, opgegraven in 1881).

Eerste vermelding in 1139 als Conengesheym. Koninksem maakte geen deel uit van de Tongerse vrijheid. Het was een vrije rijksheerlijkheid, geschonken door de Duitse keizer en rechtstreeks afhangend van het Duitse rijk, in het bezit van het Sint-Servaaskapittel van Maastricht (reeds in de 6de eeuw); één der kanunniken fungeerde onder de benaming rijproost als heer van Koninksem. De hertog van Brabant was voogd over het gebied. Na de val van Maastricht in 1632 maakten de Verenigde Provinciën aanspraak op de gebieden van het Sint-Servaaskapittel; hun gezag werd na het verdrag van Fontainebleau (1785) definitief erkend. Sinds 1972 met Tongeren gefusioneerd.

De rechtspraak gebeurde door de plaatselijke schepenbank, die in beroep ging bij de keizerlijke hoven, sinds 1573 bij de comissarissen-deciseurs van Maastricht. Het bestuur werd waargenomen door twee burgemeesters, sinds 1725 één.

De kerk was een filiaal van de Onze-Lieve-Vrouwekerk van Tongeren; de proost bezat het begevingsrecht, het Onze-Lieve-Vrouwekapittel en het Sint-Servaaskapittel de tienden. In 1803 een zelfstandige parochie. De oorspronkelijke, romaanse kerk bevond zich aan de Oude Kerkstraat, tussen de huidige kerk en de Jeker.

Straatdorp, waarvan de bewoning zich concentreert langsheen de Koninksemstraat. Woonforenzengemeente; landbouw.

Oppervlakte: 508 hectare. Aantal inwoners (1970): 754.