De naam, in 1125 voor het eerst vermeld als "Buckenholt" samengesteld uit de Oudsaksische namen Boka (beuk) en holt (hout, bos) verwijst naar het uitgestrekte bos (1100 ha) dat zich in de Middeleeuwen nog uitstrekte tot aan de Schelde en waarvan het huidige Buggenhoutbos ten zuiden van de dorpskom nog een klein restant van 156 ha is. Van in de vroege middeleeuwen maakte Buggenhout deel uit van het hertogdom Brabant en van de heerlijkheid van de Heren van Grimbergen. Door onderlinge familietwisten en inmenging in conflicten door de abdij van Affligem, werden de bezittingen verbeurd verklaard. Het bos werd opgenomen in het kroondomein en Buggenhout viel uiteen in twee heerlijkheden. Eén ervan behoorde sinds het einde van de 16de eeuw tot in 1765 aan het geslacht Bournonville uit Artois en droeg de naam Buggenhout-Bournonville (waar het huidige centrum van de gemeente zich situeert). Dit deel werd zelfs tot een prinsbisdom verheven in 1658. Het andere deel, Buggenhout-Grimbergen (gelokaliseerd in het gebied van de huidige gehuchten Opstal en Briel) behoorde tot het feodaal bezit van de Heren van Grimbergen en maakte deel uit van Brabant. De Franse Revolutie voegde de gemeente toe aan het Département de l'Escaut en zo verhuisde Buggenhout administratief naar Oost-Vlaanderen.

Momenteel bestaat de fusie Buggenhout uit vier kernen: Centrum, Opdorp, Opstal en Briel.

Buggenhout-centrum is ontstaan door ontginning van de noordelijke rand van het bos en ontwikkelde zich omheen de Sint-Niklaasparochiekerk. Het gehucht Opstal werd pas in 1905 een zelfstandige parochie met in dezelfde periode opgerichtte St.-Gerardus Majellakerk. Opdorp is gegroeid rond de zogenaamde dries of het begraasde en beboomde dorpsplein met Sint-Amandusparochiekerk. De oude Briel bij de Schelde is vermoedelijk de oudste wijk met vroegmiddeleeuwse nederzettingen en zogenaamde Brielkapel. "Briel" was een toponiem dat een laag gelegen, vochtig gebied, begroeid met gras en kreupelhout aanduidde. Soms werd de benaming gebruikt voor de omschrijving van een omheinde plaats waar vee bijeen gedreven werd (verwante namen hiervan zijn bruul en brogel). Het betrof dan een woest, onbebouwd en gemeenschappelijk stuk land. .Briel. houdt dus verband met een verspreide plaatsaanduiding en betreft dus geen specifieke eigennaam.