Oudste vermelding in 1150. Het grondgebied wordt door de Rijksweg N17 verdeeld in enerzijds, ten oosten, de laag gelegen, vochtige Maasvallei en anderzijds, ten westen, de voormalige heide, die in het naburige Neeroeteren met een steile helling opklimt naar het Kempisch Plateau. Deze heide was oorspronkelijk bosgebied; hier bevond zich het Ledebos of Drie-Bankenbos, dat zich uitstrekte vanaf de Maas tot de Bosbeek. Het was gemene grond die door verschillende gemeenten werd gebruikt. Door overbeweiding met koeien en varkens en door onverantwoorde houtkap veranderde het bos geleidelijk aan in een uitgestrekte heide. In 1818 worden de woeste gronden van het Drie-Bankenbos verdeeld onder de belanghebbende gemeenten: Stokkem, Dilsen, Rotem, Opoeteren, Niel, Lanklaar, Elen en Neeroeteren. De Broeken zijn restanten van oude turfputten, door het opkomende grondwater onder water gezet. De Maas stroomde oorspronkelijk dichter bij de dorpskern: de Laak, waarin nu de Koggebeek stroomt is een verlandde Maasbedding. Reeds vroeg werden dijken tegen de Maas aangelegd, zo de Pastoorsdijk in het midden van de 18de eeuw onder impuls van pastoor Meulenbergh; hij werd aangepast, verhoogd en verstevigd in 1995, na de zware overstromingen van winter 1993-94. De gronden die blootstonden aan de overstromingen van de Maas, de uiterwaarden, werden gebruikt als gemeenschappelijke weidegronden, bijvoorbeeld aan de Damiaan.

De bewoning klimt op tot de prehistorie, met vondsten rond het dorpscentrum. De Romeinse heirbaan Tongeren-Nijmegen, een aftakking van de heirbaan Boulogne-Bavais-Tongeren-Keulen loopt door de gemeente. Zij werd waarschijnlijk in 69-70 aangelegd en volgt het tracé Heerstraat-Rijksweg-Heirbaan, waarbij zij de loopt van de oude Maasbedding volgt. Bewoningssporen uit de Gallo-Romeinse tijd en resten van een Merovingische begraafplaats.

Elen behoorde sinds de 9de eeuw tot het domein van de abdij van Corbie (Picardië, Frankrijk). Zij bezat de heerlijke rechten van Elen, die ze in 1559 verkocht aan Godfried van Bocholt, heer van Grevenbroek. Deze ruilde ze in 1621 met de prins-bisschop van Luik. In 1741 verkocht deze de heerlijkheid aan Thomas Cornelis de la Marck, die reeds het Elense leengoud Sipernau bezat. In 1789 werd de familie de Lilien heer van Elen.

Het belangrijke goed Sipernau met kasteel en laathof, was een Loons leen, achtereenvolgens in handen van de abdij van Heilissem (12de eeuw), de families Del Wege (13de eeuw), van Mopertingen alias van Syppernauw (14de eeuw), van Rhoe (1510), van der Heyden (1710), de la Marck de Leur (1729) en de Lilien (1789). Het "laathof van de kapel", ook "Kapelhof" was eigendom van de kruisheren van Maaseik. Het gehucht Daniëlsweert of Ridderweert, oorspronkelijk een eiland in de Maas, en de Damiaan behoorden toe aan de Duitse Orde in Alden Biesen; de Damiaan wordt in 1774 verkocht aan de familie Lambrechts. Wanneer in de eerste helft van de 18de eeuw de Maas haar nieuwe loop aanneemt, komt de Damiaan op de linkeroever te liggen.

De schepenbank van Elen was een Loons hof, dat in beroep ging bij het Oppergerecht van Vliermaal.

Op bestuurlijk gebied was Elen een Loonse gemeente met twee jaarlijks verkozen burgemeesters. Tot in de 18de eeuw waren de Elenaren buitenpoorters van het naburige Maaseik.

In 1803-1821 werd het grondgebied van de gemeente uitgebreid met enkele honderden ha. van de vroegere gemene heide van Neeroeteren en met de gehuchten Visserweert en Daniëlsweert aan de overzijde van de Maas. In 1839 wordt Visserweert aan de Nederlandse gemeente Roosteren toegewezen, Daniëlsweert aan Grevenbicht.

In onder meer 1575 en 1675-79 had Elen veel te lijden van doortrekkende legerbenden. De abdij van Corbie stichtte in het begin van de 9de eeuw de Sint-Pietersparochie, waartoe ook Tongerlo en de aan de overzijde van de Maas gelegen gehuchten Visserweert en Daniëlsweert behoorden. In 1559 stond de abdij het patronaatsrecht en de tienden af aan de hogervermelde heer van Grevenbroek, die ze in 1621 ruilde met de Bisschoppelijke Tafel van Luik.

Elen is traditioneel een landbouwersdorp. Er bevond zich een brouwerij, en aan het einde van de 19de eeuw een sigarenfabriek. Sinds het midden van de 20ste eeuw is de gemeente geëvolueerd tot een woonforensengemeente Tot de 18de eeuw speelde de Maashandel een rol in de locale economie; in de schippersherberg "de Kogge" konden vrachten geladen en gelost worden. De openstelling van de Zuid-Willemsvaart in 1827 betekende een zware klap voor deze Maashandel, die echter nog een tijd bleef doorleven. Er bestond een veerdienst tussen Elen en het aan de overzijde van de Maas gelegen gehucht Visserweert. Deze verloor bij de opening van de Maasbrug in Maaseik in 1889 geleidelijk aan belang.

Zoals de meeste Maasgemeenten ontstond Elen tussen de Maas en de Romeinse heirbaan. Kerk en centrum liggen op een soort schiereiland dat circa 3 m boven de alluviale vlakte van de Maas uitsteekt. Het dorp nam de vorm aan van een hoopdorp, met het kleine gehucht Ophoven ten zuiden, ontstaan rondom het Kapelhof, en het gehucht Zand, ontstaan rond Loeshof of de Hof van Zand, ten noorden. Wat betreft site en stratenplan is Elen een typisch Maasdorp. De dorpsstraat, thans Kerkstraat loopt van noord naar zuid, parallel met de Laak, een verlandde Maasarm. Dit is de oudste kern van het dorp. In het noorden sluit de Langstraat ongeveer haaks op de dorpsstraat aan; zij leidt in het oosten naar de Maas en naar het veer van Visserweert, en in het westen naar de heide; zij was slechts bebouwd tot aan de kruising met de Romeinse heirbaan, vandaar de oude benaming het Eind, die in meerdere Maasdorpen voorkomt. Onmiddellijk ten westen van de dorpskern werd de Rijksweg N17 aangelegd in 1812-13. Hij verving de oude verbinding Maastricht-Maaseik die nog staat aangeduid op de Ferrariskaart (1771-77, Grand Chemin de Mastricht à Maseyck) en die grosso modo het tracé van de Romeinse heirbaan volgde. De Rijksweg bleef tot het midden van de 19de eeuw onbebouwd, en kreeg slechts op het einde van de 19de eeuw, maar vooral in de loop van de 20ste eeuw een lintbebouwing.

Vanaf 1822 wordt aan de voet van het Kempisch Plateau de Zuid-Willemsvaart aangelegd, en in 1827 geopend. Deze beslaat in Elen een kleine oppervlakte op de westelijke grens. Reeds in 1845 bestond een plan om een gedeelte van de heide bij de Zuid-Willemsvaart bouwrijp te laten maken door vloeiweiden. De Elerse gemeenteheide komt in 1849 in handen van een consortium, de "Société Liègeoise", die met de wateringen beginnen. De ontgonnen gronden worden vooral als hooiland gebruikt.

Bij de aanleg van de spoorlijn Hasselt-Maaseik in 1870, werd Elen van een station voorzien, op de grens met Rotem. De verbindingsweg van het dorp met het station, de huidige Stationsstraat, zorgde voor de uitbreiding van het dorp ten westen van de Rijksweg. De exploitatie van de lijn werd in 1979 stopgezet, en de sporen en het station verdwenen in 1988. Zoals de meeste Maaslandse gemeenten kent Elen een grote demografische expansie. Dit uit zich door toenemende lintbebouwing aan alle straten, en het ontstaan van een aantal nieuwe woonwijken.