Eerste vermelding in 1102 als Kesnic, van het Gallo-Romeinse Cassiniacum, dit is toebehorend aan Cassinius. In 1152 vermeld als castrum Kesnic.

Kessenich is gelegen op de overgang tussen twee traditionele landschappen: de Limburgse Maas (alluviale vlakte) ten oosten van het grondgebied en de Maasvlakte en terrassenland (middenterras van de Maas) ten westen. De grens tussen beide is de duidelijk in het landschap te onderscheiden Maastalud, die de loop van de oude Maas volgt. De nederzetting ontstond op een in de Maasvallei vooruitstekende hoogte, de meest oostelijke uitloper van het middenterras van de Maas. Oorspronkelijk stroomde de rivier vlak aan de voet van deze hoogte. In de loop der eeuwen verlegde de bedding zich naar haar huidige, meer oostelijke ligging. De Witbeek volgt de loop van deze oude Maasarm.

De vruchtbaarste gronden bevinden zich in de onmiddellijke nabijheid van de dorpskern, in de alluviale vlakte tussen het dorp en de Maas. Dit landschap is door de intensieve grindwinning vanaf de jaren 1950 grondig veranderd. Tot 1949 gebeurde deze grindwinning uitsluitend op de rivier. In dat jaar wordt in Kessenich de eerste grindwinning op private terreinen langs de rivier aangevat.

Tussen Kessenich en Thorn, ten noorden en ten noordoosten van de dorpskern, bevindt zich een inzinking die geregeld door de Maas overstroomd werd. De stilstaande waters vormden hier de moerassige slenk van het Vijverbroek, thans een natuurgebied van 140 hectare. Op de Ferrariskaart (1771-77) is dit gebied aangeduid als een alluviaal bos. Een stuk oud elzenbroek (1,8 hectare) rest hiervan en is het waardevolste deel van het gebied.

Het westelijk deel van het grondgebied, de Hees, was vroeger een onvruchtbaar gebied van heide, zand en bos, met een zandige bodem. Tijdens het ancien régime was het in gebruik als gemene gronden. De ontginning ervan gebeurde pas laat, vanaf het midden van de 19de eeuw. Het is thans overwegend landbouwgebied. De Itterbeek vormt de noordgrens van de gemeente met Nederland. De landbouw is nu hoofdzakelijk gericht op intensieve rundveehouderij en, in mindere mate, hokdieren, met bijhorend grasland en voedergewassen als bodemgebruik.

De vroege bewoning wordt aangetoond door vondsten uit het neolithicum, op de plaats Drietak, bij de grens met Ittervoort en op de Hezerheide. De bewoning van de kern klimt eveneens op tot de prehistorie: opgravingen op de burchtheuvel tonen aan dat deze plaats reeds sinds de ijzertijd bewoond was. Waarschijnlijk is Kessenich de oudste nederzetting in de omgeving van Maaseik. De nederzetting dateert waarschijnlijk uit de Keltische periode. Veilig gelegen op een hoogte van 33 à 34 meter boven de zeespiegel, aan de voet waarvan tot circa 720 voor Christus de Maas stroomde, beheerste het de hele omgeving.

Verscheidene vondsten getuigen van de bewoning in de Romeinse periode: een Romeinse begraafplaats in 1869 ontdekt op de plaats van de thans verdwenen windmolen, vlak bij de Romeinse heirbaan; vondsten bij de opgraving van de mot in 1966; in het Vijverbroek werden verschillende Romeinse munten gevonden, en een kleinbrons van Constantijn de Grote (1851); een begraafplaats met 73 brandgraven uit de 2de eeuw na Christus in de Hezerheide. De Romeinse heirbaan Tongeren-Nijmegen doorkruiste de gemeente van zuid naar noord. Hij liep op de rand van de alluviale vlakte evenwijdig met de oude loop van de Maas; het tracé ligt ongeveer parallel iets ten oosten van de Venlosesteenweg: Kempweg-Meierstraat-Molenwegske-Ittervoorterweg. De bewoningscontinuïteit in de Merovingische-Karolingische periode is niet bewezen, maar niet uitgesloten. Het lijkt erop dat aan het einde van de Romeinse periode en in het begin van de Frankische tijd zich een opvallende verschuiving van de bewoning naar het zuiden voor, naar Geistingen en Ophoven toe, waarbij Geistingen de belangrijke rol van Kessenich overnam.

In 950 ontving graaf Ansfried de Oude het land van Kessenich van de Duitse keizer Otto I voor bewezen diensten. Ten tijde van de schenking vormden Kessenich, Thorn en Neeritter één geheel, later in de archieven de Drie Eygen genaamd. Circa 1000 was het gebied afhankelijk van de Luikse kerk. Het is niet duidelijk wanneer het zijn onafhankelijkheid ten opzichte van Luik verwierf. Vanaf 1321 wordt Kessenich vermeld als een allodiale heerlijkheid. Circa 1300 wordt Kessenich, onder druk van Gulik als leen opgedragen aan de heer van Gulik (feudum oblatum), verheven voor de Leenzaal van Düsseldorf.

De kern van de heerlijkheid was het dorp Kessenich, aan de voet van de hoogteburcht van de baanderheer. Toch was de bouw van de burcht niet de aanleiding tot het ontstaan van het dorp: vóór het ontstaan van de burcht bevond er zich reeds een kerk, waaraan een grote parochie verbonden was. In de loop der eeuwen groeide de heerlijkheid uit tot een uitgestrekt grondgebied door het samenvoegen van verschillende delen: het dorp Kessenich met de gehuchten Kinrooi en Groot-Beersel; het leen Bronshorn, zijnde het dorp Hunsel met de gehuchten Haeler, Uffelsen en Castert; het allodium Borgitter. Waarschijnlijk behoorde Bronshorn oorspronkelijk tot het oude graafschap Horne of Horn, waarvan het reeds vroeg werd afgescheiden. Het werd, evenals Horne verheven voor de leenzaal van Brabant. Het kwam bij Kessenich door het huwelijk van Jan van Horne, heer van Bronshorn, met de erfdochter van Kessenich eind 14de eeuw. Het feit dat Bronshorn een Brabants leen was gaf aanleiding voor de Spaanse koningen om als hertogen van Brabant aanspraak te maken op heel Kessenich. Deze aanspraken werden echter steeds afgewezen, onder meer in 1658 en 1701. Het dorp Hunsel, thans Nederland, was de hoofdplaats van Bronshorn.

Borgitter was een allodium binnen de heerlijkheid Kessenich, gelegen op de grens tussen Kessenich en Neeritter. Het kasteel wordt in 1546 vermeld als eigendom van Arnold van Waes, drossaard van Horn. Borgitter kwam pas in 1699 door huwelijk in het bezit van de heren van Kessenich.

De oudste gekende heren van Kessenich zijn Wilhelmus en Rogier van Kessenic (1102). De heerlijkheid is achtereenvolgens in het bezit van de families van Kessenich (12 eeuw), de Montigny of van Montenaken (1321), van Born (14de eeuw), en van Hoorn of van Horn alias de Wilde (14de eeuw). De meest bekende baanderheer is Jan de Wilde, neef van prins-bisschop Jan van Heinsberg (Jean de Heynsberg); hij was één van de leiders in de strijd tegen de Bourgondiërs, en in de slag van Brustem (1467) stond hij aan het hoofd van de Tongerse milities; hij sneuvelde aan de Vivegnispoort te Luik bij de uitval tegen het bezettingsleger van Karel de Stoute (1468). De heerlijkheid is vervolgens in handen van de familie Collard (1491) en komt door huwelijk van Joanna van Kessenich in het bezit van Guido van Malsen, heer van Broeckhuizen (1602). Na hun dood ontstaat onenigheid over het bezit van de heerlijkheid tussen hun dochters, één gehuwd met Waleram of Walraaf van Waes, eigenaar van Borgitter, de ander met baron Ferdinand van Kniphuizen (of von Kniphausen) en Vogelsanck. Daarom wordt de heerlijkheid in 1653 gesplitst en verdeeld tussen beide families. Hunsel, Haeler en Groot-Beersel komen in het bezit van de familie van Waes; de rest gaat naar de familie von Kniphausen; de heer von Kniphausen bewoonde zijn slot Vogelsanck in Zolder. In 1690 gaat zijn deel over naar baron Werner van Pallant, heer tot Eyll. In 1699 worden beide delen weer herenigd onder de familie van Waes. De laatste telg van dit geslacht, Anna-Salomé van Waes huwt in 1756 met de Franse graaf de l'Aigle (des Acres). Zij verbleef vrijwel steeds in Parijs, waar zij in 1794 wordt onthoofd. Haar goederen worden door de Franse staat aangeslagen en in 1804 openbaar verkocht. Koper is Hendrik Joseph Michiels, advocaat uit Roermond. In 1822 wordt hij door Willem I in de adelstand verheven met de titel baron; hij droeg de titel van Kessenich. De familie Michiels verbleef in Roermond; pas eind 19de eeuw vestigt ze zich op het kasteel van Borgitter. De laatste baron Michiels van Kessenich overlijdt in 1910. Van de drie kastelen van het gebied bleef alleen dat van Borgitter behouden. De burcht van Bronshorn in Hunsel was reeds in de eerste helft van de 15de eeuw verdwenen. Daar de burcht van Kessenich sinds de verdeling in 1653 niet meer bewoond werd, verviel hij en verdween geleidelijk aan.

De schepenbank van Kessenich ging in beroep bij het Hof van Düsseldorf en in tweede instantie in Wetzlar. Er was ook een belangrijk leenhof aan de heerlijkheid verbonden, de Adellijke leenzaal van Kessenich. Van 1653 tot 1711 fungeerden een apart leenhof en schepenbank voor Kessenich en Hunsel.

De gemeente was onderverdeeld in verschillende kwartieren: Kessenich, Kinder (Kinrooi), Beersel (onder Kessenich), Hunsel, Haeler, Uffelsen en Beersel (onder Hunsel); aan het hoofd van ieder kwartier stonden twee burgemeesters of dorpsmeesters, aangesteld voor één jaar.

In 1635 werd de streek verwoest en geplunderd door de troepen van Jan van Weert. In 1649 had Kessenich te lijden van de Spanjaarden en Lorreinen die te Roermond en Stevensweert gelegerd waren. In 1642 vragen de inwoners aan de abdis van Thorn de toelating tot het oprichten van een schans. Deze was gelegen in het Vijverbroek.

Kessenich is een zeer oude parochie; zij zou opklimmen tot de Karolingische periode. Bovendien is zij de grootste oerparochie van het Maasland. De kerk is een stichting van de plaatselijke heer. De Sint-Martinuskerk was de moederkerk van Hunsel (afgescheiden in 1804) en van de kapellen van Kinrooi (afgescheiden in 1842) en Beersel. De parochie strekte zich uit over het dorp Kessenich, de kern van Kinrooi (zonder Hagendoren en Broekhoek), Haeler, Hunsel, Groot-Beersel en Uffelsen. Patronaatsrecht en tienden waren in het bezit van de heren. Men vermoedt dat de parochies Kessenich, Thorn en Neeritter samen één oorspronkelijke, zeer oude parochie vormden. Mogelijk behoorden hier ook de parochies Neeroeteren (met Heppeneert), Aldeneik (met Maaseik), Ophoven en Geistingen toe. In de burcht bestond ook een Sint-Maria-Magdalenakapel, waarschijnlijk eveneens een zeer oude stichting. Waarschijnlijk was de heer van Kessenich ook betrokken bij de stichting van de abdij van Sint-Jansberg te Maaseik in 1155.

Bij de definitieve grensscheiding tussen België en Nederland in 1843 verkreeg Kessenich gebiedsdelen van de Nederlandse gemeenten Neeritter, Ittervoort, Hunsel, Stramproy, Stevensweert en Thorn. In 1845 verloor Kessenich meer dan twee derde van zijn grondgebied bij de oprichting van Molenbeersel en Kinrooi als zelfstandige gemeenten.

Kessenich is een typisch Maasdorp. De oude dorpskern ontstond op een natuurlijke hoogte aan de oever van de Maas; hier werd de burcht van de heren van Kessenich gebouwd. Deze toestand is door de verlegging van de stroom in oostelijke richting als dusdanig niet meer onmiddellijk te herkennen. De kern van het dorp wordt gevormd door de nog bestaande, kunstmatige burchtheuvel met voormot, waarop de Sint-Martinuskerk ligt. Dit geheel was vroeger omringd met een gracht. Toch is het niet zo dat de kerk een castrale functie had; gezien de hoge ouderdom van de parochie mag worden verondersteld dat de kerk vóór de burcht bestond, en later in de nieuwe versterking werd opgenomen. Merkwaardigerwijs bevond zich ongeveer 50 meter ten noorden van de kerk nog een tweede, hogere kunstmatige heuvel. Hij is duidelijk zichtbaar op een figuratieve kaart van circa 1550, toegeschreven aan Jacob van Deventer, en is ook goed herkenbaar op de Ferrariskaart (1771-77). Het is niet duidelijk wat deze tweede mot betekende; er zijn geen historische bronnen die hem vermelden. Hij bestond nog begin 19de eeuw, en wordt in 1804 beschreven; hij is intussen volledig weggegraven.

Het dorp groeide uit tot een kerndorp: de vruchtbare gronden lagen immers in de onmiddellijke nabijheid, in de alluviale vlakte van de Maas. Een groot aantal kleine, langgestrekte hoeven, de meeste met nok loodrecht op de straat, liggen aan de straten van de dorpskern (Kerkstraat, Schoorstraat, Dorpsstraat). Zoals in de meeste Maasdorpen verbindt een oostwest- gerichte straat (Meierstraat) de dorpskern met de Romeinse heirbaan en haar westelijk grondgebied. Aan deze straat bevinden zich van oudsher een aantal belangrijke hoeven (Meyerhof, Zanderhof, Swevershof). Tot na de Tweede Wereldoorlog verbond een veer nabij het Houbenhof het dorp met het Nederlandse Stevensweert.

Het westelijke deel van het grondgebied, de Hees, aan de overzijde van de Romeinse heirbaan, bestond zoals bij de meeste Maasdorpen uit onvruchtbare zandgronden, die als gemene gronden gebruikt werden. Dit gebied was vrijwel onbewoond, behalve in de omgeving van het Boterstokshof en aan de Itterbeek, waar een paar hoeven lagen. Hier bevond zich ook de galg (Ferrariskaart, 1771-77), waaraan de plaatsnaam Gallert herinnert. In 1848 wordt de gemeente bij wet verplicht de heidegronden ter ontginning af te staan. Vanaf dan begint geleidelijk aan de bebouwing van de Hees. De eigenlijke ontwikkeling vindt echter pas na de Tweede Wereldoorlog plaats toen het op grote schaal aanwenden van kunstmest de omvorming van de heidegronden naar akkergrond mogelijk maakte. De bebouwing is nog steeds weinig dicht en verspreid, en bestaat naast de enkele belangrijke, historische hoeven (Boterstokshof, Janissenhof, Bussenhof, Lakerhof) uit kleine langgestrekte hoeven en beperkte lintbebouwing. Ten noorden van dit gebied, aan de Itterbeek, ligt het kasteel Borgitter.

Tot midden 20ste eeuw was Kessenich een duidelijk landbouwersdorp, waarbij echter het gebrek aan goede gronden deze nijverheid steeds vrij kleinschalig hield. In 1844 bezat de gemeente 174 hectare bos, 527 hectare heide en 527 hectare moeras. Bovendien had tussen eind 19de eeuw en 1950 een versnippering van de landbouwbedrijven plaats; deze kleine bedrijven waren na 1950 niet meer rendabel. Meer dan de helft van de plaatselijke beroepsbevolking pendelt thans naar het Nederlandse grensgebied. De steenweg van Kessenich naar Kinrooi (Breëersteenweg) dateert van 1901. Op de Venlosesteenweg functioneerde een tramlijn Maaseik-Kessenich sinds 1900; deze wordt in 1937 buiten gebruik gesteld en in 1938 worden de sporen opgebroken. Bij de ingebruikname van deze tramlijn werd een douanekantoor op de grens met Nederland noodzakelijk; het oorspronkelijke kantoor lag in Ophoven. In 1902 wordt het douanekantoor van Kessenich opgericht, het wordt één van de belangrijkste van de grensstreek. Na de Tweede Wereldoorlog ontstond rondom het kantoor een kleine nieuwe wijk bestaande uit onder meer douaneagentschappen en horecabedrijven. Het kantoor werd gesloten in 1997.

In 1865 werd een windmolen gebouwd op de hoek van het Molenwegske en de Veldstraat; hij werd in 1961 gesloopt. Oppervlakte: 1.023 hectare.