De naam van het dorp wordt voor het eerst vermeld in een oorkonde van 1222 als Minor Brogela, Keltisch-Romaans voor moerassig, met klein struikgewas begroeid grensgebied. In 1380 wordt Cleyne Bruckel vermeld, waarbij klein zoals minor verwijst naar de tegenstelling met het aangrenzende dorp Grote-Brogel en het tweede deel refereert aan een lage, waterachtige, enigszins met hout en gras begroeide plaats, hetgeen de landschapstypering ten volle komt bevestigen.

Ten westen vormt namelijk de Dommel de grens met Overpelt en Eksel. Tussen de Zavelstraat en Vliegveldlaan stroomt dan weer de Dorperloop. Ten oosten en zuiden van het dorp lagen de meeste heidegronden, terwijl de akkers verspreid lagen in en rond de woonkernen. Omstreeks het midden van de 19de eeuw bestond 60 procent van de gemeente ofwel uit heide (455 hectare), ofwel uit bossen (115 hectare). Gedurende de tweede helft van de 19de eeuw werd de heide er grotendeels herbebost. Momenteel nemen bos en heide nog ongeveer 35 procent van de gemeentelijke oppervlakte in.

Kleine-Brogel telde zes wijken of gehuchten: de Broekkant, het Dorp, het Heris, de Riet (genoemd naar een rijt of waterloop), de Voort en de Zavel. Het toponiem Voort is afgeleid van het Latijnse furdu en verwijst vermoedelijk naar een doorwaadbare oversteekplaats in de vallei van de Peerderloop. De naam Zavel verwijst naar het zandige karakter van de bodem in dit voormalig heidegebied.

In Kleine-Brogel werden voorromeinse urnen met incineratieresten gevonden op de plaats Kamperden. De antieke weg Diest-Paal-Peer loopt over het grondgebied naar het noorden.

Bestuurlijk behoorde Kleine-Brogel tot het graafschap Loon, dat verenigd was met het prinsbisdom Luik. Het dorp was voor de verkiezing van de dorpsafgevaardigden gerangschikt onder het eerste district van het kwartier Loon en Stockheim. De stemgerechtigden moesten zich naar Overpelt begeven om de kandidaat voor de derde stand te kiezen. Deze burgerlijke indeling bleef in voege tot aan de Franse Revolutie, toen Kleine-Brogel door een besluit van 31 augustus 1795 onder het bestuur kwam te staan van de commissaris van het Departement van de Nedermaas en bij het kanton Peer werd gevoegd. Onder het Hollandse bewind na 1815 bleef dezelfde situatie voortbestaan. Voor de verkiezing van de Provinciale Raad behoorde Kleine-Brogel tot de kring Zonhoven. Sedert 5 juni 1839 behoort het dorp tot het bestuurlijk arrondissement Maaseik en het gerechtelijk arrondissement Tongeren, terwijl het voor het vredegerecht zijn zaken gaat bepleiten te Peer.

Gedurende het ancien régime behoorde Kleine-Brogel tot het drossaardschap van Overpelt, dat deel uitmaakte van het baljuwschap van Grevenbroek-Achel. Gerechtelijk was het dorp ingedeeld bij de schepenbank van Pelt, die Loons recht sprak en onderworpen was aan het beroepshof van Vliermaal. De galg stond op het grondgebied van Kleine-Brogel tegen de scheiding der gemeenten Kaulille en Grote-Brogel, ongeveer op de plaats die nu nog de Galgenhoeven wordt genoemd.

De gemeente werd bestuurd door twee burgemeesters, ook dorpsmeesters genoemd, die na een ambtstermijn van één jaar door twee nieuwe burgemeesters werden vervangen.

De schutterij van Kleine-Brogel stond onder de bescherming van de Heilige Maagd Maria en Sint-Ursula, patrones van de parochie. Ze werd gesticht op 9 juli 1645. In juni 1746 werd een nieuw reglement voor de schuttersgilde opgesteld, dat op 9 juli 1749 in de vergadering van de Geheime Raad van prinsbisschop Jan-Theodoor van Beieren zou worden goedgekeurd. Mogelijk bestonden er aanvankelijk twee schutterijen, één voor jonggezellen en één voor gehuwden. In elk geval is er na 1749 nog slechts sprake van één gilde. In 1739 besloot de schuttersgilde dat voortaan niemand meer als lid mocht worden gekozen of hij moest inwoner van Kleine-Brogel zijn of er goederen hebben liggen. Dat jaar werd ook besloten dat de leden voortaan slechts recht zouden hebben op vier potten bier op elk der gelagdagen. Een lid dat buiten de parochie huwde, moest de gildebroeders op de eerste gelagdag tracteren. Met de Franse overheersing hield de schutterij op te bestaan. De gemeente had een schans, betuigd sinds 1593 en gelegen nabij de Dommel. Waarschijnlijk is de reeds vroeger opgerichte schans ontstaan op een stuk vroente, eigendom van de gemeente. Ze werd nog uitgebreid tot in 1598 en voorzien van bestruikte grachten. In 1719 betaalde de gemeente aan A. Palmans 2 gulden voor het gedurende twee dagen kappen van hout op de schans. Ook gras, hooi en toemaat werden regelmatig verkocht in de loop van de tweede helft van de 18de eeuw. In 1747 en ook later is er sprake van herstellingen aan het schanshuis. In 1754 werden er herstellingswerken uitgevoerd aan poort en brug. In 1769 werd Mathijs Pagers betaald voor het zaaien van haver en klaverzaad op de schans. In 1781 plantte men er nog heesters en bomen. De gemeente verhuurde de schans en de schansvest, blijkens rekeningen uit de tweede helft van de 18de eeuw. Op de Ferrariskaart (1771-77) is de toendertijd quasi rechthoekige schans duidelijk waarneembaar, met erop zeven langgestrekte schanshuisjes. In 1791 werd P.J. Vaesen nog betaald voor het snoeien van bomen op de schans en het planten gedurende drieënhalve dag. Een grondplan van 1819 duidt de voormalige vluchtplaats aan als vijfhoekig, voorzien van grachten en twee bastions aan de westkant. In de Atlas van de Buurtwegen (1845) is de schans eveneens vijfhoekig.

De Hollandse periode bracht het einde mee. In maart 1825 werden 58 percelen grond door de gemeente publiek verkocht. In 1827 wordt de schans een laatste maal vermeld in de gemeenterekeningen, in verband met de verkoop van wilgentoppen. De plaats is heden enkel nog topografisch herkenbaar, maar was vóór de Tweede Wereldoorlog nog duidelijk waarneembaar. Op de tot 2001 bijgewerkte kadasterkaart komt ze nogmaals in vijfhoekige vorm voor en wordt rondom het verdedigingswerk moeras aangeduid. Slechts vier oude eiken markeren heden de plek. Kadastraal is de naam bewaard. De huidige Schansstraat verwijst er eveneens naar.

In 1606 genoten de kinderen van Kleine-Brogel reeds onderwijs. Op de Zavel werd in 1864 de oude gemeenteschool opgericht, heden rusthuis van het OCMW (Zavelstraat 11). Ten gevolge van de schoolstrijd (1879-84) werd te Kleine-Brogel op bevel van de bisschop van Luik overgegaan tot het oprichten van een vrije katholieke school, die in 1880 werd opgetrokken op het bouwland "Wirixvelden" op de Zavel, eigendom van de familie Voets. Bij de bouw van de nieuwe kerk in 1907-08 werd de katholieke school als noodkerk ingericht. Later deed ze dienst als vergaderzaal, schoollokaal en repetitiezaal van de Sint-Jozefsfanfare. Ze werd gesloopt in 1962.

In 1947 stichtte burgemeester Joseph Voets de genoemde Sint-Jozefsfanfare en de Toneelvrienden.

In 1572 werden in het dorp twee geuzen vermoord in een periode waarin Hollandse soldaten de streek onveilig maakten. Om aan de zwaarder worden opeisingen het hoofd te kunnen bieden, moest de gemeente leningen aangaan, onder andere in 1577 en 1578. Wanneer in 1654 de ruwe Lorreinse troepen van Condé te Peer waren ingekwartierd, had Kleine-Brogel ook te lijden van de opeisingen van die huurlingen. Onder meer de pastorie werd toen geplunderd. Tijdens de Spaanse Successieoorlog, in de zomer van 1702, verbleef de beroemde generaal Marlborough, opperbevelhebber van het Engelse leger, te Kleine-Brogel. Uit gemeenterekeningen blijkt dat het dorp weerom geteisterd werd door inkwartieringen en opeisingen in 1746 en volgende jaren. Hetzelfde deed zich voor tijdens de Zevenjarige Oorlog. In de jaren 1780 legerden Hollandse troepen in Kleine-Brogel. Ook bij de opstand van de patriotten was er sprake van leveringen en dergelijke. In 1741 werd het dorp zwaar getroffen door de collerine of buikloop. In 1746 woedden besmettelijke ziekten onder de veestapel. De gemeente betaalde toen aan de pastoor 13 fl. 10s. om negen missen te zingen ter ere van Sint-Antonius. In de loop der tijden had Kleine-Brogel meermaals te klagen over de schade die het malen bij te hoog water van de drie Overpeltse molens op de Dommel veroorzaakte aan de aangrenzende beemden en landerijen waardoor deze onder water werden gezet. Zo kwam het in 1768 tot een conflict tussen de gemeente en de abdij van Floreffe, die de molens bezat. Wellicht werd de zaak in der minne geregeld. Op 2 september 1792 belandde te Kleine-Brogel een voorwacht Franse republikeinse soldaten, terwijl op 31 december van dat jaar een compagnie Franse nationale grenadiers het dorp binnenkwam en de tweede compagnie van Picardië negen dagen logies vroeg. Op 15 januari 1793 moesten drie karren met de Franse troepen naar Roermond meevaren en enkele dagen later moesten paarden en gespan geleverd worden. In de jaren 1790 waren er opeisingen en inkwartieringen van zowel Franse, Hollandse en keizerlijke soldaten. De burgemeesters waren gedwongen elk jaar geld te lenen en hoge schattingen te heffen op het geringe aantal inwoners. Volgens de volkstelling van 1910 woonden in Kleine-Brogel amper 363 mensen. Tijdens de Tweede Wereldoorlog crashten diverse Engelse vliegtuigen, alsook één Duits toestel, in de gemeente. Door de wet van 17 juli 1970 fuseerde de gemeente vanaf 1 januari 1971 met Peer.

De parochie van Kleine Brogel is circa 800 ontstaan onder het patronaat van de abdij van Aldeneik. In de middeleeuwen werden de abdijzusters van Aldeneik vervangen door een kapittel van reguliere kanunniken. Toen in 1570 het kapittel van Aldeneik naar Maaseik werd overgeheveld, werd Kleine Brogel hiervan afhankelijk. De kerk, die uitzonderlijk voor de Kempen als patrones Sint-Ursula heeft, patroonheilige van genoemde abdij, was een quarta capella. De quartkapellen stonden onder de onmiddelijke jurisdictie van de landdeken, die het recht en de plicht had deze kapellen jaarlijks te inspecteren. De scholaster van de collegiale kerk van Maaseik genoot het grootste deel van de tienden en had het begevingssrecht. Tot 1559 maakte de parochie deel uit van het dekenaat Woensel, daarna van het landdekenaat van Beringen en het aartsdiakonaat van de Kempen. Bij het concordaat in 1801 werd de parochie bij Grote-Brogel gevoegd, om in 1842 weer een afzonderlijke parochie te vormen in het dekenaat Peer.

Circa 1470 telde Kleine-Brogel slechts 24 huisgezinnen, hetgeen de dorpsnaam wel degelijk verklaart. Op de Ferrariskaart (1771-77) is een kleine dorpskern aangegeven en voorts verspreide bebouwing. Tot het begin van de 20ste eeuw was de bevolking geconcentreerd in de dorpskom en de gehuchten. Door de verdichting van het woningenbestand in de tweede helft van de 20ste eeuw zijn al deze oude kernen quasi met elkaar vergroeid. Daardoor vertoont Kleine-Brogel zich als een dorp zonder een wezenlijke kern, maar met een relatief verspreide bebouwing in een circa 500 meter brede, noordzuid gerichte strook aan weerszij van de as Pieter Breugellaan-Lillerbaan. Het kruispunt in het centrum van het dorp ontstond door de aanleg van de kiezelweg van Achel naar Peer (855-57) en de weg van Hechtel naar Lozen (1878-91). De vroegere verbindingsweg tussen Kleine-Brogel en Peer was de Peerderstraat. Na de aanleg van de parallelweg Kiezel Kleine-Brogel (1855-57) kwam er enkel nog plaatselijk verkeer in de Peerderstraat. In 1959-61 werd hoger genoemd kruispunt op aandringen van de militaire overheid omgevormd tot het huidige rondpunt, waarbij een tiental woningen werden gesloopt. In 1966 werden in de bossen langs de Lillerbaan zestig sociale woningen gebouwd op de vroegere eigendom van burgemeester Joseph Voets, de huidige Sint-Jozefswijk. Deze schenking werd het volgend jaar nog uitgebreid met twintig aren grond om er een kleuterklas op te bouwen. De verkaveling Straatveld werd begin van de jaren 1980 goedgekeurd. In 1984-85 werden er de eerste woningen gebouwd. Tijdens een vergadering van de werkgroep Plaatsnaamgeving op 28 november 1995 werd voor het deel van de verkaveling tussen Straatveld en de Groenstraat als naam de Burgemeester Essersstraat voorgesteld. In mei 2001 kreeg dit gedeelte officieel deze naam. De recente noordwaartse ontwikkeling van de dorpskom werd sterk beïnvloed door de ligging van de vliegbasis in het zuidoosten van het dorp. Naar de valleien van de Dorperloop en de Dommel toe vervaagt de bewoning en neemt het groen van weilanden en bossen de overhand.

Kleine-Brogel is altijd een klein landbouwdorp geweest. Bij de volkstelling van 1796 waren er 49 gezinnen. 42 gezinshoofden waren landbouwer, drie waren werkman, verder was er één geestelijke, één kleermaker en één smid. Voorts was of waren er één schoolmeester, 21 dienstknechten, 26 dienstmeiden, vier herders en één werkvrouw. Bij een openbare verkoop van gemeentegronden in 1825 waren van de 24 kopers 18 Teuten, onder andere genoemd Voets, Leen, Essers en Lenders. Zij betaalden hun koopsommen in klinkende munt. Sinds de 16de-17de eeuw tot in het begin van de 20ste eeuw waren inderdaad een aantal inwoners bedrijvig als leurhandelaars, vooral in Nederland, Duitsland en Lotharingen. Zij brachten vooral in de 19de eeuw welstand in het dorp. Op 30 december 1908 werd de samenwerkende vennootschap Sint-Brigitta-melkerij van Kleine-Brogel opgericht. Op 9 juni 1909 trad de melkerij in werking. Op 9 oktober 1927 vond aldaar de inhuldiging plaats van de boterfabriek Sint-Antonius, die in 1940 werd verplicht om te sluiten. In de loop van de 20ste eeuw verwierf Kleine-Brogel bekendheid wegens zijn militaire basis. Het vliegveld dat de Duitsers er in de Tweede Wereldoorlog planden, werd door hen weliswaar niet meer gerealiseerd. Bijna een derde van Kleine-Brogel wordt thans ingenomen door het militaire vliegveld, dat in de winter van 1944-45 door de geallieerden werd aangelegd in het bredere kader van de bevrijding. Ruim één jaar lang was het dorp een uitvalsbasis voor de toestellen van de Canadese luchtmacht. Gelegen in het noorden van Belgisch Limburg was Kleine-Brogel een gepaste uitvalsbasis om de Rijn-operaties voor te bereiden en te steunen. In het najaar van 1945 werd de basis overgedragen aan een Belgisch detachement. De terreinen van het "tijdelijke" vliegveld werden in 1948 door het Belgische leger aangekocht en naderhand geleidelijk tot een volwaardige luchtmachtbasis voor de 10de Jager-Bommenwerperswing uitgebouwd. Op 12 juni 1951 nam de Belgische Luchtmacht er haar intrek. De vliegbasis resulteerde in heel wat tewerkstelling en het aantal inwoners steeg fors door immigratie, vooral in de periode 1958-68. Op zijn hoogtepunt in 1972 stelde de basis circa 1800 personen tewerk. Heden is Kleine-Brogel een NAVO-vliegbasis. Samen met de oudere militaire domeinen van Leopoldsburg en Helchteren vervolledigt de militaire basis van Kleine-Brogel de verankering en aanwezigheid van het Belgische leger in de Limburgse Kempen. Thans is nog steeds ruim één derde van het dorp verboden terrein. De basis zorgt tot ver buiten het dorp voor aanzienlijke geluidshinder. Een groot deel van de plaatselijke actieve bevolking van dit dorp zonder enige industrie is echter buiten de gemeente werkzaam, onder meer in Overpelt, Kaulille, het Genkse industriegebied en ook deels in het Nederlandse grensgebied. Voor heel wat diensten is Kleine-Brogel afgestemd op het vlakbij gelegen stadje Peer.

Oppervlakte: 970 hectare. Aantal inwoners: 1.003 (1961); 1.623 inwoners (01-01-1996).