Zogenaamd naar het voormalige klooster der Grauwe Zusters Penitenten, sinds 1440 in de stad gevestigd en afgeschaft door Jozef II in 1784. Op de plaats van het klooster werden door P. Colpaert (meestermetselaar) twee rijen huizen gebouwd, vandaar dat de straat korte tijd Colpaertstraat genoemd werd. De huidige Penitentenstraat omvat de vroegere Lange Penitentenstraat (= Colpaertstraat, tussen Beverhoutplein en Baudelostraat) en vroegere Steurstraat (van Baudelostraat tot E. Anseeleplein).

Straattracé sterk gewijzigd circa 1900 met aanleg van de Baudelo- en Wolfstraat met typische afgesnuite hoekhuizen en een overwegend eclectische bebouwing aansluitend bij de nieuwe straten. Enkele behouden eind 18de- en 19de-eeuwse panden.