Van oude bewoning op de Sint-Jansberg getuigt het in de buurt gevonden neolithisch materiaal.

In 1155 schonken twee boers, Walter van Gymmenich, deken van de kerk van Sint-Gereon te Keulen en zijn broer Huibrecht hun eigengoed te Sint-Jansberg aan de abdij van Averbode, nadat een vroegere poging tot stichting van een abdij van reguliere kanunniken op die plaats was mislukt. Deze schenking werd betwist door Sigerus, één van de erfgenamen van de stichters, die de gebouwen in brand stak. In 1167 werd de kerk heropgebouwd. In 1231 werd het abdijdomein met een belangrijke grondaankoop uitgebreid, afkomstig uit allodiale goederen die hadden toebehoord aan Lodewijk, heer van Lauw.

In de periode 1294-96 volgden nog drie kleinere aankopen van weidegronden, waardoor de domeinopbouw voltooid was. Op dit domein werden door Averbode een hoeve en een kerk gebouwd. Het domein was een kerkelijk immuniteitsgebied. De hoeve was een laathof, voor het eerst vermeld in 1385. De hoeve werd tot het einde van de 15de eeuw uitgebaat door kloosterlingen van Averbode; vanaf 1381 werd ze verpacht, eerst als halfwinning, waarbij de pacht de helft van de opbrengst bedroeg, later tegen betaling van een geldbedrag. Het beheer van de hoeve en de omliggende gronden was de taak van één of twee meiers of rentmeesters, die meestal tot vooraanstaande Maaseikse families behoorden. De oogst werd opgeslagen in de tiendschuur, die binnen de wallen van Maaseik lag, nabij de Bospoort.

Na de confisquatie in 1797 werd Sint-Jansberg verkocht aan J. Vauthier, directeur van de malpostdienst te Maaseik. Het goed werd ingericht als een landelijk kasteel met hoeve, stallen, koetshuizen en terras, en was in de 19de eeuw achtereenvolgens in het bezit van verschillende families. Na een fatale brand in 1892 komt Sint-Jansberg in de handen van de augustijnen van Gent, die in 1898 begonnen aan de bouw van een klooster. Zij verlieten dit klooster in 1902. Het werd in 1903 betrokken door de broeders van Onze-Lieve-Vrouw van Lourdes te Oostakker, die er verbleven tot 1921. In 1924 werd er begonnen met een technische school, het Technisch Instituut Sint-Jansberg.

Aangeduid op de Ferrariskaart (1771-77) als een vierkanthoeve met kapel ten noorden, buiten het erf, onder de benaming Chapelle St Jans Bergh. Deze situatie bleef behouden in de Atlas van de Buurtwegen (1845, St. Jansberg, Ferme); het goed was toen eigendom van Ch. De Neubourg, rentenier te Maaseik. Van deze situatie rest alleen de kapel. De huidige hoeve bevindt zich op een andere plaats en dateert van 1875.