Zich baserend op het -gemtoponiem laten historici de oorsprong opklimmen tot de zesde-zevende eeuw. Als onderdeel van het oude domein van de abdij van Nijvel dat zich ook uitstrekte over Bollebeek, vormt Vrijlegem trouwens het oudste gehucht van Mollem. Al in het begin van de dertiende eeuw is er in oorkonden sprake van een mansus te "Vrilenghem". Dat het hier ging om een belangrijke wijk maken historici op uit de verdeling in Vrijlegem, de oude bewoningskern, en Neder-Vrijlegem, het landbouwcomplex, thans respectievelijk Boven Vrijlegem en Beneden Vrijlegem.