De kerksite van Sint-Petrus en Paulus vertegenwoordigt een archeologisch bijzonder waardevolle locatie binnen de historische kern van Oostende. De enige bovengronds bewaarde getuige van de oude parochiekerk is de zogenaamde Peperbusse, de westtoren van de gotische hallenkerk die in 1896 door brand werd verwoest. Vooral de onderbouw van deze toren geldt als een van de oudste nog bestaande gebouwen van de stad en vormt een zeldzame materiële getuige van het middeleeuwse Oostende van vóór het Beleg van 1601-1604.

De huidige Sint-Petrus- en Pauluskerk werd opgetrokken ten oosten van haar voorganger, waarvan de oorsprong minstens teruggaat tot de late middeleeuwen. Archeologisch onderzoek bracht tussen de huidige kerk en de Peperbusse restanten aan het licht van deze oudere kerkfase(n), waaronder twee muren en twee vierkante funderingen van vermoedelijk achthoekige pijlers. Deze sporen getuigen van de plattegrond en bouwgeschiedenis van de verdwenen voorganger(s) van de huidige kerk.

De site bezit tevens een belangrijke funeraire erfgoedwaarde. Rond de kerk bevond zich oorspronkelijk een kerkhof dat in 1795 buiten de stad werd verplaatst. Opgravingen in 2000 brachten minstens 75 begravingen aan het licht, voornamelijk langs de noordzijde van de huidige kerk. De resten van houten kisten waren vaak nog herkenbaar als verkleuringen in de bodem. Een deel van deze begravingen kan mogelijk verband houden met het Beleg van Oostende (1601-1604), wat de historische betekenis van het begravingsbestand verder vergroot.

Door de aanwezigheid van resten van de middeleeuwse en vroegmoderne voorgangers van de kerk, de bewaarde toren, het voormalige kerkhof en de talrijke aangetroffen begravingen bezit de site een hoge archeologische erfgoedwaarde. Het archeologisch bodemarchief biedt belangrijke onderzoeksmogelijkheden naar de ontwikkeling van de parochiekerk, de historische stadsontwikkeling van Oostende, de begrafenispraktijken doorheen de tijd en mogelijk ook de impact van het Beleg van Oostende op de lokale bevolking.