De opgraving in de Sint-Annakerk bracht vele interessante sporen aan het licht, opvallend is hoe iedere werkput verschillend was zoals de bakstenen structuren in WP1. De twee veldstenen massieve muren in de zuidbeuk waren zeker onverwachts aangezien de noordbeuk als het oudste gedeelte werd beschouwd. Ook de twee 14de-eeuwse grafstenen in de noordbeuk zijn uitzonderlijk. De resultaten hebben echter geen volledige duiding gebracht in de bouwchronologie van de Sint-Annakerk, maar eerder bevestigd in zijn complexiteit.

Het historisch kaartmateriaal met voornamelijk de 18de-eeuwse voorstellingen van een kruiskerk komen niet overeen met de bouwchronologie. Door het weinig vondstmateriaal, de kans op oud-houteffect bij de C14-dateringen en de onzekerheid bij het dateren op basis van baksteenformaten, maken dat de archeologische structuren niet betrouwbaar genoeg konden gedateerd worden. Er is geen overlap in datering tussen de veldstenenkerk (1290-1410 na Chr.) op basis van een C14-datering met de datering van de noordbeuk (1253) gegeven door Robrecht De Beaucourt de Noortvelde. Werd een bakstenen noordbeuk naast de veldstenen kerk gebouwd, zonder deze eerst af te breken? Is de C14-datering fout of eerder De Beaucourt de Noortvelde zijn fasering van de drie beuken? Ook bepaalde structuren binnen de zuidbeuk kunnen eind 14de - 15de-eeuws gedateerd worden, terwijl een bakstenen zuidbeuk pas in 1624-25 zou zijn aangebouwd.

In WP4 in de noordbeuk werd onmiddellijk op twee massieve 14de-eeuwse grafstenen uit Doornikse kalksteen gestoten. De meest noordelijke grafsteen behoorde toe aan een ridder en is beduidend groter en beter bewaard dan de naastliggende grafsteen gewijd aan een vrouw met haar 2 kinderen, een jongen en een meisje. De ridder van den Stenne is historisch niet gekend en er is ook geen feodale entiteit te Stene.

Ondanks aanpassingen aan het kerkhof en latere begravingen, waren de drie skeletten in de buitensleuf (WP7) aan de zuidkant van de kerk goed bewaard. Waarschijnlijk doordat ze eeuwenlang onder een paadje langs de kerk lagen. De grond was tevens natter dan de opvullingslagen binnen de kerk. Deze kistbegravingen dateren eerder uit de 14de - 15de eeuw op basis van het aangetroffen aardewerk en een mijtje.

Binnen de kerk werden twee niet verstoorde kistgraven aangetroffen, vermoedelijk eerde 17de-18de-eeuws.