Centraal op de voorburcht werden vijf mergelmuren aangetroffen. Die zijn allen te linken aan de bouwfase uit de tweede helft van de 16de eeuw. Toen werd de voorburcht ca. 1571 gebouwd onder landcommandeurs Jan van Ghoer en Hendrik van Ruyschenbergh. Tijdens die periode had de voorburcht een U-vormige constructie, met een open zijde naar het waterslot gericht. Een prent van Romeyn de Hooghe toont dit gedeelte in zijn oorspronkelijke vorm. De 5 mergelmuren maakten dus deel uit van de dwarsvleugel, die de twee voorburchten met elkaar verbond. Tussen 1769 en 1775 liet landcommandeur Caspar Anton von der Heyden (ook wel von Belderbusch genoemd) deze dwarsvleugel slopen. Op die manier werd de Waterburcht opengelegd en kreeg Alden Biesen zijn huidige vorm.
Op het buitenhof werd een citerne met waterput (S6) blootgelegd, die vermoedelijk dateert uit de bouwfase van de omliggende gebouwen (16de of 17de eeuw). De waterput is ingetekend op onderstaand plan van Hansen (1813), en blijkt dus langer in gebruik te zijn geweest dan het jaartal op de deksteen (V2) doet vermoeden. In het stadarchief van Tongeren werd zelfs nog een foto teruggevonden van de intacte waterput uit het begin van de 20ste eeuw. Dit doet het vermoeden rijzen dat de deksteen ergens is vrijgekomen uit de omliggende gebouwen in de loop van de 20ste eeuw.
Bij het opschonen van een bodemprofiel (P2) werden twee randfragmenten en één wandfragment van eenzelfde grape aangetroffen. De fragmenten zijn gedetermineerd als rood aardewerk, waarvan de buitenzijde volledig geglazuurd is. Aan de binnenkant is enkel de hals geglazuurd. Er bevinden zich roetsporen aan de binnen -en de buitenkant. De diameter van beide randfragmenten bedraagt 20 cm. De vorm (met een langere hals), de manier van glazuren en het baksel wijzen op een datering in de 14de eeuw. Al heeft rood aardewerk wel een zeer lange gebruiksperiode.
De andere bodemprofielen sluiten aan bij de gegevens op de bodemkaart. De oorspronkelijke bodem bleek overal zwaar verstoord of opgehoogd te zijn geweest. Dit komt overeen met de op de bodemkaart aangeduide OB- of OT-bodems. Dit zijn sterk vergraven bodems door bebouwing.

In het westen en het noorden van het onderzoeksgebied was de bodem duidelijk opgehoogd, hetgeen overeenkomt met de bevindingen van het IAP in 2000. De hier aanwezige groene kleiige ophogingspakketten, met daarin kalk –en schelpenpartikels, is aangevoerde grond, die ten zuiden van het onderzoeksgebied natuurlijk voorkomt. Vermoedelijk is deze daar afgegraven geweest om het terrein ter hoogte van de gebouwenzone te egaliseren. Ook de profielen op het buitenhof en het buitenhof bleken vergraven of opgehoogd te zijn. Bij de aanleg van het buitenhof en het buitenhof werden dan ook hoogstwaarschijnlijk egalisatiewerken uitgevoerd om een vlak plein te creëren, gezien die zones in oorsprong schuiner lagen in het landschap.
In het oosten van het onderzoeksgebied, ter hoogte van P9, bleek de bodem volledig vergraven te zijn geweest. Dit is mogelijk gebeurd bij de aanleg van de vroegere parking of nutsleidingen.