In werkput 1 werd direct onder de huidige vloer op een soort massief gestoten dat opgebouwd was met bakstenen en natuurstenen. De functie hiervan was niet meteen duidelijk. Mogelijk gaat het om een restant van een ouder verhard vloerniveau van de binnenkoer of eventueel om een versteviging van de huidige vloer. Na het verwijderen ervan werd verder verdiept en op 75cm diepte werd gestoten op een trap van de fundering die 25cm uitstak en in baksteen was opgebouwd .

In werkput 2 kwam de fundering van het gebouw direct ten westen van de put reeds op 15cm diepte aan het licht. Deze stak 30cm uit naar binnen en was opgebouwd met bakstenen. Verrassend genoeg werd in deze put reeds op 10cm diepte op een oude bakstenen muurstructuur gestoten. Ten noorden ervan bevindt er zich mogelijk een bakstenen gewelf tegenaan dat samengehouden wordt door lichtgrijze mortel met een halvemaanvormig gat erin. Dit zou eventueel een oude kelder, waterput of beerput kunnen zijn. Voorlopig wordt deze constructie gedateerd in de 17de-18de eeuw.

In werkputten 3 en 4 werd meteen onder de huidige vloer van de binnenkoer op een oud massief rioleringssysteem gestoten waarvan twee aftakkingen werden gevonden. Grijze platte natuurstenen dekken het onderliggende, met bakstenen opgemetste kanaal af. Gezien het gebruikte baksteentype is dit rioleringssysteem wellicht niet ouder dan de 19de eeuw. In werkput 3 bevond het kanaal zich in het westen vrijwel tegen de muur van de sacristie aan, waardoor de diepte van de fundering niet verder te onderzoeken viel. De fundering van de muur die de binnenkoer van de tuin afschermde (werkput 4) was de eerste 40cm gefundeerd op slordig gemetste bakstenen. Vervolgens vormde hij een trapje van zo’n 10cm naar binnen toe en werd in de volgende 40cm een spaarboog zichtbaar.

Bij het verdiepen in werkput 5 kwam merkwaardig genoeg een bijna intacte 16de-eeuwse grape in roodgeglazuurd aardewerk aan het licht. Mogelijk werd deze hergebruikt als veegpot in een vroegere vloer van de binnenkoer. Na het verwijderen van de pot werd het verdiepen langs de fundering van de kathedraal erg bemoeilijkt door de aanwezigheid van verschillende leidingen. Toch kon nog tot op 1,3m diepte manueel gegraven worden. De natuurstenen fundering van het koor van de Sint-Baafskathedraal loopt in het noorden de eerste 50cm recht naar beneden. Vervolgens werd die getrapt en sprong maximaal 30cm naar binnen toe. Via een lokale peiling van nog zo’n 80cm diep werd nagegaan of er zich nog een trap in de fundering bevindt. Er werd daarbij op geen nieuw uitsprong van de fundering gestoten waardoor verondersteld kan worden dat de fundering van dan af vrijwel recht naar beneden loopt.

Van de fundering van het koor in het oosten (in de binnentuin) werd bij het graven van een put in 1998 reeds een tekening gemaakt. Jammer genoeg waren toen bij het uitgraven ervan geen archeologen ter plekke, waardoor er vermoedelijk heel wat skeletten zijn weggegraven. Direct ten zuiden van de put kwamen verschillende menselijke schedels aan het licht. Deze leken echter niet meer in verband te zitten, wellicht als gevolg van de uitgraving in 1998.

In werkput 6 werd ook vrijwel onmiddellijk op massieve structuren gestoten. Ter hoogte van de steunbeer gaat het wellicht om de originele fundering in baksteen. In de uiterste noordwesthoek bevond zich echter een stevig gemetst gewelf dat mogelijk deel uitmaakt van een onderliggende citerne. Direct ten zuiden bevond zich een recente riolering.

Tot slot is er de put die in de wijnkelder van de sacristie gegraven werd om de diepte van de fundering te achterhalen. Daarbij moest eerst een zeer harde beton- en puinlaag van zo’n 30cm dikte losgeschoten worden. Daaronder kwam een oudere bakstenen verharding aan het licht waarvan de functie niet helemaal duidelijk was. Mogelijk maakte deze deel uit van de fundering van het gebouw aangezien er een bakstenen funderingspijler op lijkt te rusten.

In vier putten werden menselijke begravingen aangetroffen. Vooral in werkputten 1 en 4. Daar kwamen de resten van deels verstoorde, maar wel intacte skeletten op een diepte van -75cm onder het huidige loopniveau aan het licht. Ze waren allemaal met het hoofd in het westen en de voeten in het oosten begraven. Bij het verdiepen langs de fundering in WP5 werden in het noordprofiel, onder de leidingen, resten van verschillende begravingen opgemerkt. Ook ten zuiden van WP7 in de tuinzone werden enkele losse schedels vastgesteld.

Er werden tijdens het onderzoek twee munten gevonden via metaaldetectie. Beide kunnen gedateerd worden in de 16de eeuw. De ene valt te linken met Karel V en de andere betreft een koperen mijt van Filips II geslagen tussen 1555 en 1598 .