De oudste sporen die aan het licht kwamen betreffen een aantal in grootte en vorm variërende kuilen die met een systematische grondwinning in verband te brengen zijn. Wellicht werden ze aangelegd in de loop van de late 12de tot eerste helft van de 13de eeuw. De systematische aanlegdiepte tot maximaal ca. 50cm in de onderliggende zandige oeverwalafzettingen duidt erop dat men doelbewust zocht naar het zandige substraat, wellicht om als basismateriaal te dienen voor de productie van leem voor houtbouw en oveninfrastructuur zoals ovenkoepels en haardvloeren.

In een tweede fase lijkt het er duidelijk op te wijzen dat de aangelegde kuilen kort na de aanleg ervan werden gedempt en parallel het terrein geleidelijk werd opgehoogd en genivelleerd door middel van systematische, maar wellicht geleidelijke grondaanvoer, vermengd met organisch materiaal en huishoudelijk afval. Op basis van het aangetroffen aardewerk kan deze fase algemeen gesitueerd worden tussen het midden van de 13de en tweede helft van de 14de eeuw.

Dat de nieuw gewonnen terrein, voor wat betreft het onderzoeksgebied, vanaf dat ogenblik geleidelijk in gebruik werden genomen kan aangetoond worden door de aanleg van onder meer een tonwaterput en enkele afvalkuilen met nagenoeg uitsluitend hoornpitten van schaap/geit wat in verband te brengen is met het looien van huiden voor de productie van leer.

Historisch wordt dit areaal van groot belang omwille van de inplanting van een Refugium door de Witheren van de Sint-Niklaasabdij in de late 15de eeuw, die op dat ogenblik nog buiten de stadsomwalling was gelegen. Na 1583 namen ze hun intrede in het Refugium en werden reeds kort nadien plannen gemaakt om op deze locatie een nieuwe abdij uit te bouwen, wat vanaf het begin van de 17de eeuw geleidelijk werd uitgevoerd. Het oude Refugium en andere reeds aanwezige gebouwen werden hiervoor aangepast en/of afgebroken. Van de eigenlijke abdijfase werden zeer weinig resten van teruggevonden, daar zich op dat ogenblik, ter hoogte van het onderzoeksgebied, het eigenlijke neerhof was gelegen met enkele bedrijfsgebouwen. Slechts een gedeeltelijk bewaarde plattegrond dat typologisch in verband te brengen is met een mogelijk bakhuis kan tot deze fase gerekend worden.

Met de opgave van de abdijfunctie op het einde van de 18de eeuw verkregen de terreinen een nieuwe functie in de 19de eeuw. Zo evolueerde het voormalige neerhof tot een groentetuin behorende tot het Sint-Janshospitaal dat later overgemaakt werd aan het Bisschoppelijk College. Enkele muurstructuren kunnen onmiddellijk gelinkt worden met een langwerpig NW-ZO gebouw dat aangeduid wordt op 19de -eeuwse cartografische bronnen en bleef zelfs zichtbaar op luchtfoto’s tot aan de Eerste Wereldoorlog.