Het proefputtenonderzoek te Borgloon Rusthuiskapel met oog op wetenschappelijke vraagstelling, leverde geen in situ bewaarde resten op van het begijnhof.

De oudste aangetroffen laag is te interpreteren als 19de-eeuwse tuinlaag, waarbinnen ouder materiaal ook vermengd is geraakt. De bovenliggende lagen zijn dan afbraakpakketten van voormalige structuren, mogelijk te relateren aan het begijnhof, wat ook de inmenging van grotere bakstenen en 13de tot 19de-eeuws aardewerk kan verklaren. Enkele begijnhofhuizen zouden in de tweede helft van de 17de eeuw platgebrand zijn. In het begin van de 18de eeuw wordt het hospitaal van het begijnhof overgebracht naar de overzijde van de weg. In het begin van de 19de eeuw werd van het begijnhof een bejaardentehuis gemaakt.

De noord-zuid gerichte gebouwen welke op het 18de en 19de-eeuws kaartmateriaal worden weergegeven, bevinden zich grofweg ter hoogte van de huidige Rusthuiskapel. Deze moesten dan ook allicht eind 19de plaatsmaken voor de kapel zelf die begin 20ste eeuw wordt opgetrokken. De aangetroffen lagen zijn een weergave van de afbraakfasen die in de 19de eeuw plaatsvonden. Er zijn geen sporen meer van structuren van het begijnhof die nog voorkomen in oorspronkelijke positie. Hiermee gepaard gaande zijn er enkele ophogingspakketten zichtbaar, allicht voor het bouwrijp maken van het terrein in functie van de kapel, waarna de kapel in het begin van de 20ste eeuw werd opgetrokken, getuige het constructieniveau. 

Samengevat kan gesteld worden dat er binnen de Rusthuiskapel geen in situ bewaarde resten van het begijnhof meer te verwachten zijn. Wel wijst het vondstmateriaal ouder dan de 19de eeuw op de eeuwenlange aanwezigheid van het begijnhof binnen de advieszone, doch is het volledig vermengd geraakt in de jongere afbraakpakketten en ophogingslagen. Bovendien situeren de geplande werken in de Rusthuiskapel zich binnen de bovenste 50 cm van de geregistreerde profielen, wat wil zeggen dat de werken volledig vallen binnen de beschreven 19de-eeuwse ophogings- en
afbraakpakketten. Hierdoor zal verder archeologisch onderzoek niet tot kenniswinst leiden. Het uitgevoerde proefputtenonderzoek met wetenschappelijke vraagstelling heeft bovenstaande gegevens opgeleverd, waardoor het zeker wel zinvol was en tot kenniswinst heeft geleid omtrent de bewaring van het vroegere begijnhof ter hoogte van de Rusthuiskapel.