Voor het eerst in 1141 komt de bevestiging van het bestaan van een kerk te Sint-Baafs-Vijve. De akte vermeldt: "in Fivia altare quod dicitur Sancti Bavonis". Het 'altare' met bijhorende rechten en inkomsten wordt door Simon de Vermandois, bisschop van Doornik-Noyon, aan de Sint-Maartensabdij van Doornik geschonken. Vermoedelijk wordt de kerk opgetrokken in de eerste helft van de 12de eeuw, oorspronkelijk een romaanse driebeukige basilicale kruiskerk met halfronde apsis en vieringtoren. Zoals bij talrijke Leiedorpen het geval, was de kerk opgetrokken in onmiddellijke nabijheid van de Leie, dichtbij 'den aert', de aanlegplaats voor schepen waarlangs bouwmaterialen snel konden worden aangevoerd. Vóór het einde van de 15de eeuw wordt in de noordelijke zijbeuk een witstenen paradijsdeur gebouwd. Tijdens de 15de of 16de eeuw vindt een eerste ingrijpende verbouwing plaats, waarbij de benedenkerk van vijf naar drie traveeën wordt gereduceerd. De lage rondbogige doorgangen tussen schip en zijbeuken werden vervangen door drie hoge spitsbogige doorgangen op laatgotische middenzuilen (gesloopt in 1910). In 1559 wordt de parochie Sint-Baafs-Vijve bij het bisdom Gent gevoegd. Op het einde van de 16de eeuw breken onlusten uit in de nasleep van de godsdiensttroebelen. In 1590 zaten Ierse soldaten in het dorp gelegerd en was het kerkgebouw dringend aan herstelling toe. Tot 1613 was de kerk in een zodanig slechte staat dat een draagbaar altaar werd gebruikt. Vermoedelijk wordt de kerk kort daarna hersteld, want in 1614 worden drie nieuwe altaren gewijd, toegewijd aan Sint-Bavo, Onze-Lieve-Vrouw en het Heilig Kruis.