Bij de aanleg van de eendenkooi speelde grondbezit en vermogen een belangrijke rol. De eendenkooi van Meetkerke benadrukte de status van ondermeer de families de Mouscron, van Themsecke en Bertholf, achtereenvolgende leenhouders van het kasteelgoed te Rietschilde in de 16de en 17de eeuw, en van de familie van Outryve d’Ydewalle in de 18de, 19de en 20ste eeuw, eigenaars van diverse kastelen in de Brugse rand. De eendenkooi zorgde ervoor dat men op de kasteeleigendommen van smaakvol vlees was verzekerd. De exploitatie van de eendenkooi was onderdeel van het omvattende beheer van de adellijke domeinen en behoorde toe aan rentmeesters. Het toezicht op de eendenkooi werd toevertrouwd aan zogenaamde kooibazen of aan jachtopzichters.

Zeker sinds de 17de eeuw, maar vermoedelijk reeds veel eerder hadden de kasteelheren een vaste kooiman in dienst. De oudst bekende kooiman in Meetkerke is Paulus Van Acker. Het uitzonderlijke landelijke beroep van kooiman werd in stilte en eenzaamheid en vaak ’s nachts op en rond de eendenkooi uitgeoefend. De laatste kooiman van de eendenkooi van Meetkerke was Medard D’Haene. Het solitaire beroep of bijberoep werd steevast als geheimzinnig omschreven waardoor het een memorabele volkskundige achtergrond kende. Uit bronnenstudie is ondermeer bekend dat het gebruik van een rosse kooihond en van loopplanken langs de kortschermen in de eendenkooi van Meetkerke werden toegepast.

Uit een gepubliceerde bijdrage van de volkskundige Magda Cafmeyer over de eendenkooi van Meetkerke uit 1953 bleef een gedetailleerde omschrijving van het beroep en de werkzaamheden van kooiman Nicodemus Wybo, bijgenaamd ‘Demen Oom’, bewaard. Ook de meer praktische ervaringen van ervaren vrijwilliger-ringer André Rodts werden gepubliceerd en dragen bij aan de volkskundige waarde van de eendenkooi.

De tijdelijke uitbating van de eendenkooi als vogelringplaats, op initiatief van graaf Léon Lippens, stichter en voorzitter van de ornithologische vereniging ‘Belgische Natuur- en Vogelreservaten’, getuigt ook van het opkomende fenomeen in de jaren 1960 van verenigingen die zich actief inzetten voor natuurbehoud.

De eendenkooi van Meetkerke heeft een historische waarde als getuige van een bijzondere jachttechniek op waterwild (zogenaamd vangbedrijf) zoals die vanaf de middeleeuwen werd toegepast. Er zijn sterke aanwijzingen dat het ontstaan van eendenkooien in Vlaanderen moet gesitueerd worden. De oudste expliciete vermelding van de eendenkooi van Meetkerke gaat terug tot 1554, maar de oorsprong van de constructie kan ouder zijn en opklimmen tot de middeleeuwen. In die zin is er op dezelfde locatie een duidelijk verband met een voorgaande zwanenhouderij of zogenaamde ‘Zwanerie’, reeds vermeld in 1525. Op deze waterrijke plek, centraal in de Meetkerkse Moeren en grotendeels ontveend tijdens de volle Middeleeuwen, werden knobbelzwanen gekweekt om ze als siervogels uit te zetten, mogelijk op de Brugse stadswateren en wellicht ook op adellijke buitenplaatsen. Het houden van zwanen, de zogenaamde zwanendrift, was een vorstelijk recht dat hier, samen met het recht op het exploiteren van een eendenkooi, evolueerde tot een in leen gegeven heerlijk recht.

Het landschap van de venige depressie, na enkele droogmakingspogingen in de vroege 16de eeuw en nadien nog omstreeks 1622, bleef steeds een zeer geschikt pleistergebied voor watervogels. Een polderverkaveling kon immers nooit echt worden doorgevoerd en het gebied bleef in gebruik een stabiel hooiland- en hooiweidecomplex. De eendenkooi wordt voor het eerst duidelijk weergegeven op een landmeterskaart uit het eerste kwart van de 17de eeuw. De vroegst bekende eigenaar of pachter van de zwanenhouderij was de hooggeplaatste Brugse stadsmagistraat Maarten Lem, waarvan verondersteld wordt dat hij onmiddellijk nabij deze locatie een omwald kasteelgoed bezat. Deze verdwenen site is archeologisch bekend als de ‘Casteelheve’ of ‘Hoge Heve’. De zwanenhouderij en nadien ook de eendenkooi werden ondergebracht bij het leenhof van de Burg van Brugge, met als corresponderend leengoed het ‘Goed ter Rietschilde’ op de grens Varsenare en Sint-Andries. Ook dit kasteelgoed, afgebroken omstreeks het midden van de 18de eeuw, was steeds in handen van invloedrijke families waaronder de internationale koopman Pieter de Mouscron en de grootgrondbezitters Jacob van Themsecke, Cornelius Bertholf, Alexander Taelboom, Philips Emmanuel Du Bus en Andries Dubois. Vanaf 1770 kwam de eendenkooi van Meetkerke voor lange tijd in handen van de adellijke familie van Outryve d’Ydewalle. Het eigendom werd pas in 1972 omgezet in een naamloze vennootschap, aanvankelijk onder de naam ‘De Compagnie’, later ‘Hoeve van Meetkerke’.

De eendenkooi werd als vangstinstallatie geëxploiteerd door de adellijke eigenaars, via hun rentmeesters of via een zogenaamde kooibaas. Hiervoor werd een vaste kooiman in dienst genomen. De initiële functie van de eendenkooi voorzag in afzet van wild (eendenbout, eendenborst, mogelijk ook pastei), deels voor eigen consumptie maar ook voor afzet, onder meer in Brugge.

De eendenkooi van Meetkerke is meerdere malen heringericht, onder meer in 1957 op initiatief van huurder graaf Léon Lippens, die naast jagen een passie had voor watervogels. In de periode 1956-1964 heeft hij de eendenkooi, samen met vrijwilliger-ringer André Rodts, uitgebouwd als vogelringstation. Daarbij werd ook het aantal vangpijpen aangepast. Hij werd in het beheer bijgestaan door baron en amateur-ornitholoog Roger van Caloen, toenmalig voogd van binnen de familie van Outryve d’Ydewalle. Na verwerving van de eendenkooi door de Vlaamse Overheid in 2002 werd een laatste herinrichting en herwaardering gerealiseerd in 2008, in uitvoering van het natuurinrichtingsproject Meetkerkse Moeren, waarbij één vangpijp werd gereconstrueerd.

De eendenkooi van Meetkerke heeft een technische waarde omwille van de inrichting volgens het algemeen bekende rogge-ei-type. Uit mondelinge overlevering is bekend dat bij de heraanleg van de constructie in 1957, door huurder graaf Léon Lippens, inspiratie werd opgedaan bij de eendenkooien in het estuarium van de Severn in het Engelse Slimbridge, heringericht door ornitholoog Sir Peter Scott. Overige inspiratie werd opgedaan bij twee andere, niet nader bekende constructies in Nederland en bij de eendenkooi van Bornem. Hij wisselde ook technische kennis en ervaring uit met baron Pierre de Coninck de Merckem en diens schoonzoon, baron Roger van Caloen, beiden betrokken bij de eendenkooi van Merkem. De bewaarde inrichting is uitgerust met vier vangpijpen met gekromd vangfuiknet, aangevuld met een kleine vijfde vangpijp van hetzelfde type. Dit vangpijptype werd hier laatst in 1957 hersteld naar een voor Vlaanderen uitzonderlijk Hollands model, het zogenaamde Gelderse of Brabantse type met kwart-cirkelvormige beugels en kortschermen, zoals het hier vermoedelijk al vanaf halfweg de 18de eeuw bestond. Eén vangpijp werd in 2008 andermaal naar dit Hollands model gereconstrueerd op basis van fotografische opnamen uit de periode 1957-1964. Het uitzicht van de vangpijpen volgens Hollands model is gedocumenteerd door enkele uitzonderlijke fotografische opnamen uit 1940.

Als belangrijke secundaire uitrusting is nabij de zuidoostelijke vangpijp en tussen de watergang van het Sint-Andrieszwin en de kooiplas een toevoersloot bewaard, voorzien van een metalen schuifje waarmee het waterpeil in de eendenkooi kon geregeld worden. Op basis van zichtbare reliëfsporen op digitale luchtbeelden worden ook relicten van ontwateringsgreppels aangetroffen.

Alle toebehoren waarmee de eendenkooi in 1957 als bijzondere vangstinstallatie werd heringericht, waaronder vangpijpen met ijzeren beugels uit betonijzer, vormen één geheel en zijn hier nog als relict afleesbaar. Om de oeverzones van de kooiplas en van de vangpijpen te versterken werden toen ook betonnen oeververdedigingen aangebracht.

Rond het kooibos en langs de vangpijpen lopen er vervaagde tracés van iets verhoogde kooipaden. Langs de kooiplas liggen ook verbrede bermen waarop eenden konden rusten. Langs de westelijke zijde komt nog een plaatselijke heesterbeplanting van wilde liguster voor waarmee extra beschutting langs de kooipaden werd verschaft. De inplanting van de eendenkooi werd bepaald door de ligging binnen de depressie van de Meetkerkse Moeren waarbinnen een traditioneel hooilandbeheer werd gevoerd. Dit grote waterrijke gebied was daardoor een aantrekkelijk pleistergebied voor watervogels, noodzakelijk voor een succesvolle eendenvangst. Het omgrachte kooibos, met daarin fragmenten van hakhout met overstaanders, respectievelijk in de struiklaag en opperhoutlaag is nog goed herkenbaar.

De eendenkooi van Meetkerke bezit een courante aanleg met een min of meer rechthoekige omgrachte kooiplas met vier vangpijpen en een relict van een vijfde kleine vangpijp, omgeven door een kooibos met een variatie van opgaande bomen en een struiklaag. Het kooibos is gelegen midden in de depressie van de Meetkerkse Moeren, waarvan de overwegend begreppelde graslanden vaak onder water lopen. Deze markante venige depressie met voornamelijk hooilanden en relatief weinig perceelsrandbegroeiing zorgt ervoor dat het kooibos een sterk ruimtelijk-structurerend element is in deze droogmakerij, die na langdurige overstroming door intensieve bemaling (deels) ontwaterd werd.

De eendenkooi van Meetkerke is, na verlies van de oorspronkelijke jachtfunctie, verder ontwikkeld tot een bijzonder biotoop voor broedende en pleisterende watervogels. Het kooibos groeide uit tot broedkolonie van blauwe reigers en aalscholvers. De begroeiing van het kooibos, bestaande uit een begreppeld alluviaal bos biedt een afwisselend biotoop voor houtachtige en kruidachtige planten. Het spectrum aan soorten en -variëteiten uit het genus
Populus (populier) bestaat uit specifieke en karakteristieke cultuurvariëteiten.

Het gebruik van de eendenkooi van Meetkerke als vogelringplaats, occasioneel tussen 1933 en 1939 en effectief als vogelringstation tussen 1956 en 1964, door huurder graaf Léon Lippens, geeft uitdrukking aan een aanvullende wetenschappelijke waarde. Het inschakelen van deze functie, als geschikte herbestemming, betekende een motivatie tot behoud en herstel van de vangstinstallatie. In deze eendenkooi werden aanzienlijke aantallen watervogels gelokt, geringd, vrijgelaten en eventueel terug gevangen, met het oog op ornithologisch onderzoek naar aspecten van onder meer verspreiding, levensduur en migratie van soorten. Dit onderzoek gebeurde hier tijdelijk vanuit een onderling samenwerkingsverband tussen Léon Lippens als stichter en voorzitter van de ornithologische vereniging ‘Belgische Natuur- en Vogelreservaten’ en André Rodts als vrijwilliger-ringer actief binnen de ornithologische vereniging ‘De Wielewaal’. Van de geringde eenden zijn talrijke terugmeldingen bekend, onder meer uit Noord-Europese landen en uit Aziatisch Rusland.