Op de oostelijke muur van het zuidertransept zijn in de gotische spaarnissen fragmenten bewaard van de middeleeuwse beschildering.

Gedeeltelijk achter het marmeren altaar van de Heilige Anna verborgen, is Sint-Jan de Doper ten voeten uit afgebeeld. Hij draagt een lange baard, een geelbruine kameelharen mantel met rode voering, en is blootsvoets. In zijn linkerhand houdt hij een lam vast en een kruisstaf waaraan een banderol bevestigd is met de woorden "Ecce agnus (Dei) ecce qui t(ollit peccata mundi)" (Zie het Lam Gods dat wegneemt de zonden van de wereld). Op de grond onder zijn voeten groeien bloemen en ontwikkelt zich vanuit de links gelegen spaarnis een tweede banderol met de tekst "Inter natos mulierum non surrexit maior Johanne Baptista" (Onder de kinderen der vrouwen is er geen grotere dan Johannes de Doper). De groene achtergrond is dicht bezaaid met goudkleurige bloemmotieven. Sint-Jan de Doper, de voorloper van Christus, is hier voorgesteld als asceet en boeteprediker zoals hij in de woestijn leefde. Daar doopte hij zijn volgelingen en ook Christus, die hij het Lam Gods noemde, dat de zonde der wereld wegneemt. Vandaar het attribuut en de tekstbanderol.

Achter het 17de-eeuwse altaar zijn in de spaarnissen nog andere resten van schilderingen bewaard. Links van Sint-Jan de Doper een banderol met de woorden Ego vox clamantis in deserto parate viam domini (Ik ben de stem van een roepende in de woestijn: maakt recht de weg des Heren), die in de literatuur met een tweede, verdwenen voorstelling van Johannes de Doper verbonden wordt.

Hiernaast in de volgende nis, nog steeds achter het altaar, bevinden zich tegen een rode achtergrond twee heiligenfiguren. Links de Heilige Alexis, voorgesteld als pelgrim in een grijs gewaad en met breedgerande omgeslagen hoed. In zijn rechterhand draagt hij een wandelstok en links een boek. Het grootste deel van zijn leven leefde deze zoon van een rijk en voornaam Romeins senator als pelgrim en vrome bedelaar. Pas na zijn dood werd hij herkend aan een tekst (het boek) die hij bij zich droeg. Rechts staat de Heilige Dorothea met in de linkerhand een mandje met bloemen en vruchten. Volgens de legende schonk zij dit, toen zij omwille van haar geloof onthoofd werd, aan de spottende advocaat Theophilus. Deze bekeerde zich hierop tot het christendom en werd zelf martelaar. Van boven uit reikt een engel Dorothea het korfje aan en bloeiende takken.

Stilistisch vertoont Johannes de Doper de kenmerken van de gotische stijl van rond 1400. Het is een monumentale, statische figuur die als het ware naar voren treedt en zich tegen de achtergrond afzet. De schildering is naturalistisch. Opvallend is de modellering van het aangezicht, van benen en handen, waarbij de lichtinval door een lichte toets gesuggereerd wordt. De schildering van Alexis en Dorothea is grafischer uitgewerkt en schijnbaar minder bewogen, te oordelen naar de beschikbare foto's, naar de aquarel van Tulpinck (Brussel, Koninklijke Musea voor Kunst en Geschiedenis) en naar de kopie door het atelier Bressers (Leuven, KADOC). De compositie is rustiger en evenwichtig. Onder voorbehoud wordt zij daarom omstreeks 1420 geplaatst.

De hier besproken muurschilderingen in de spaarnissen van het zuidertransept werden ontdekt in 1899, bij het wegnemen van het schilderij van Antoon Van Dyck uit het marmeren altaar van Sint-Anna. Zij zaten toen volledig verborgen achter een bakstenen muur die tegen de gotische spaarnissen was gebouwd.

Restauratie in 1974 door het Koninklijk Instituut voor het Kunstpatrimonium, onder leiding van Michel Savko. In 1985 onderzocht Johan Grootaers voor de firma Solar N.V. verschillende elementen van de originele architectuurpolychromie, onder meer op 13de-eeuwse bouwonderdelen.

Op diverse plaatsen in de kranskapellen zijn ook nog sporen zichtbaar van figuratieve en decoratieve schilderingen, als emblemen van gilden en blazoenen, daterend uit de 15de-16de eeuw. Meerdere hiervan werden rond het midden van de 19de eeuw gedocumenteerd door Jean-Baptiste de Noter (1786-1855) en A. Van den Eynde (Mechelen, Stadsarchief en Archief van de kerkfabriek Sint-Rombouts), toen de witsellagen in de kooromgang en de aangrenzende kapellen verwijderd werden.

Vermeldenswaard is ten slotte de polychrome architectuurschildering in de verbouwde noordelijke kapittelzaal (1310-1356). Het betreft een verticale geleding van geschilderde spaarnissen met driepasbekroning en zwikomkadering. Zij strekt zich uit over het wandoppervlak van de westelijke, de noordelijke en de oostelijke muur, van op de vloer tot aan de kroonlijst, en imiteert de reële gepolychromeerde witstenen wandnissen die op de zuidelijke binnenwand van de kapittelzaal aanwezig zijn. De rijk geprofileerde kroonlijst draagt ook sporen van beschildering. De oorspronkelijke architectuurschildering die een vlak en grafisch karakter had is eenmaal hernomen in de heden zichtbare versie met een uitgesproken dieptewerking. Als werkhypothese dateerde Johan Grootaers (1985) het eerste niveau in de 16de eeuw (?), het tweede in de 17de, 18de eeuw (?).