Op 31 december 1964 deels bij Gent en deels bij Ertvelde gevoegd. Ten noorden grenzend aan Ertvelde, ten oosten aan de Gentse Kanaalzone met de wijk Terdonk, ten zuiden aan Evergem en ten westen aan Sleidinge.

De Burggravenstroom doorloopt het dorp van zuid naar noord en wordt aldaar zogenaamd het Dorpsvaardeken, in 1861 en 1866 werd de oever afgebakend met arduinen palen en ijzeren staven (nu verdwenen) en kort ervoor voorzien van vier bruggen. De Oostwatergang, een in de 13de eeuw gegraven waterloop van de Burggravenstroom in het centrum van Kluizen naar de Lieve in Eeklo, werd eveneens zogenaamd Burggravenstroom. Parallel ermee loopt de Schildekensstraat -Spiegelstraat, een aftakking van de Antwerpse heerweg naar Kluizen. Andere waterlopen vormden sevens natuurlijke grenzen met naburige gemeenten: de Avrijevaart ten noorden en het Molenvaardeken ten zuiden. Het Kanaal Gent-Terneuzen vormde tot de annexatie van dit deel van Kluizen bij Gent in 1927, de grens met Sint-Kruis-Winkel. De belangrijkste verkeersweg, de weg Ertvelde-Kluizen-Gent, Parallel met de de Burggravenstroom, werd bestraat in 1838-45. In de jaren 1860 werden de voornaamste verbindingswegen met de omliggende gemeenten gekasseid.

De stichting van Kluizen gaat terug tot de eerste helft van de 12de eeuw, toen in dit woest gebied in de zuidelijke uithoek van het Ambacht Assenede (de Vier Ambachten), toen zogenaamde Langebeke (naar de grensbeek van het Sint-Baafsdomein te Evergem), door de graaf van Vlaanderen een geprivilegieerd ontginningsdorp gesticht werd met twaalf kolonistenhoeven. Tussen 1115 en 1119 schonk de graaf deze nederzetting aan de Sint-Salvatorabdij van Ename, op voorwaarde dat zij er een kerk en een kluis voor monniken zou bouwen en de ontginning leiden. Dit vormde het ontstaan van de heerlijkheid "de Twaalf Hofsteden" en de latere gemeente Kluizen. De bisschop van Utrecht verleende in 1122 aan de monniken toestemming een Onze-Lieve-Vrouwekapel op te richten, later de parochiekerk (zeker voor 1179). De naam Kluizen wordt reeds vermeld in een oorkonde van 1270 als woonplaats of kluis van de eerste religieuzen dicht bij de kapel. Eind 13de eeuw was deze streek ontgonnen. Tegenover dit zogenaamd "Enaamse" was er een deel dat de graaf rechtstreeks toekwam, zogenaamde "Grafelijkheid Kluizen", administratief bestuurd door Ambacht Assenede. Verder lagen in deze gemeente nog een aantal enclaves van de heerlijkheid Avrije, de Twaalf Hofsteden, een vrije heerlijkheid, de meierij van Doornzele en de heerlijkheid van Ertvelde. De belangrijkste hoeven te Kluizen tijdens het Ancien Régime waren de pachthoeven van Doornzele, de abdijhoeve van Ename, het Goed ten Oudevoorde en het Goed ter Kale.

De streek had erg te lijden onder de veldslagen tijdens de Gentse opstand in 1385 en in 1488- 1493. Eind 16de eeuw was het gebied ontvolkt als gevolg van de Tachtigjarige oorlog. De Franse veroveringsoorlogen in de 17de eeuw brachten eveneens grote vernielingen met zich meet Meer recent was Kluizen het slachtoffer van oorlogsschade tijdens de Eerste en de Tweede Wereldoorlog. In Kluizen bevinden zich nog 18 bunkers van de versterkte linie tegen de Scheldemonding die onderleiding van de Duitsers aangelegd werd in 1916-17. Het enige kasteel in Kluizen, was het kasteel van Doornzele, het park hoorde grotendeels tot Evergem (zie Doornzele Dries), het gedeelte met het kasteel werd in 1927 bij Gent gevoegd (zie Gent, Terdonk).

In 1927 werd een groot deel van de gemeente Kluizen aan het Kanaal Gent-Terneuzen, de zogenaamde geuzenhoek en een stuk van Terdonk geannexeerd bij Gent. Een nieuwe annexatie vond plaats op 31 december 1964 voor het aanleggen van het Kluizendok. Kluizen, aldus te klein geworden om als zelfstandige gemeente te blijven bestaan, werd voor een deel bij Ertvelde en voor een deel bij Gent gevoegd.

Op de grens met Ertvelde en Sleidinge werd in 1974 een 55 hectare groot waterspaarbekken gegraven, met een waterzuiveringsstation, bestemd voor drink- en industriewater van de Gentse Kanaalzone.