De toekenning van het parochiaal statuut aan Zuienkerke dateert vermoedelijk uit de 10de eeuw. Zuienkerke werd waarschijnlijk uit de parochie Sint-Andries afgesplitst, die eerder uit Snellegem was ontstaan. Tussen 1089 en 1108 krijgt het Brugse Sint-Donaaskapittel er het patronaatsrecht. In 1108 wordt dit recht door de bisschop van Doornik, Balderik, bevestigd. Wellicht beschikte Zuienkerke aanvankelijk slechts over een eenvoudige bidplaats, die een dochterkerk van Uitkerke vormde. Het eerste kerkgebouw, gewijd aan de aartsengel Michaël, wordt op het einde van de 12de of in het begin van de 13de eeuw vervangen door een laatromaanse, basilicale kruiskerk, waarvan slechts de torenvoet is bewaard. De eerst vermelde pastoor van de parochie is een zekere Boudewijn. Op het einde van de 13de eeuw wordt de kerk tot een gotische constructie verbouwd. De achtzijdige torenbekroning is 15de-eeuws, net als de koorabsiden. Rond 1570 wordt Zuienkerke getroffen door de watergeuzen. Het kerkgebouw is in een erg vervallen staat en wordt als schuur gebruikt wanneer Rodoan, de Brugse bisschop, een bezoek brengt aan de landelijke parochie. Hij spoort de inwoners aan om hun verwoeste bedehuis te herstellen. Tussen 1615 en 1618 worden de koorpartij en de sacristie grondig gerestaureerd en aan de smaak van de tijd, de barok, aangepast. De restauratie van de toren werd pas in 1627 beëindigd. De benedenkerk blijft in ruïneuze toestand tot de sloping van het ganse westwerk in 1698, waardoor de vroegere vieringtoren een geveltoren wordt. In de loop van de 17de en 18de eeuw krijgt het interieur een nieuwe aankleding en rond 1734 ondergaat het gebouw nogmaals een volledige herstelling. In 1833 werd de kerktoren gerestaureerd omdat ze ernstige stabiliteitsproblemen vertoonde. De kerkhofmuur met gietijzeren hekken werd in 1880 vernieuwd. In 1890 moest de ganse dakbedekking van de kerk worden vervangen. Dat was vijftig jaar later, in 1940, opnieuw nodig. In 1951 werd de kerktoren nogmaals aangepakt. In 2000 is de Sint-Michielskerk opnieuw aan een algemene restauratie onderworpen.

Georiënteerde pseudo-hallenkerk, gelegen ten westen van een terp genaamd "'t hooghe stuck" en volledig omringd door een ommuurd kerkhof.

Verankerde baksteenbouw met leien bedaking. Plattegrond ontvouwt driebeukig schip, in het oosten afgesloten door drie driezijdige apsissen, met verhoogde middenbeuk en westtoren. Noordelijke zijbeuk (13de-eeuws noordelijk zijkoor dat in het begin van de 17de eeuw werd gerestaureerd en aangepast) telt drie traveeën en is voorzien van vermoedelijk 17de-eeuwse aanbouw ten noorden (sacristie). Zuidelijke zijbeuk, met een gelijkaardige geschiedenis, telt vier traveeën en heeft aanbouw ten westen (berging). Westgevel gestut door zware steunberen (circa 1734) die de korfbogige ingang flankeren. Aanbouw met tuitgevel en staande ovale oculus. Westtoren met laatromaanse (eind 12de, begin 13de-eeuwse), vierkante romp voorzien van veldstenen pijlers, gaat bovendaks over in 15de-eeuwse achtkant in tufsteen door middel van met halve piramiden afgedekte trompen, bekroond door een achtzijdige, ingesnoerde naaldspits. Sierlijke korfboogfries op consoles boven rondbogige galmgaten met natuurstenen deelzuiltje en bakstenen waterlijst. Grote, gedrukte gotische spitsboog met natuurstenen ontlastingsboog boven toreningang en het daarboven gelegen korfboogvenster maakten eertijds deel uit van de doorgang naar de verdwenen, 13de-eeuwse benedenkerk en wijst erop dat deze toren oorspronkelijk de vieringtoren was. Zijbeuken geritmeerd door sterk verspringende steunberen met daartussen segmentboogvensters, waarvan sommige in een vlakke omlijsting met oren. Hoogkoor verlicht door twee segmentboogvensters en twee driezijdige oculi. Aan elke zijde nog duidelijke sporen van de 15de-eeuwse spitsboogvensters. Sacristie verlicht door segmentboogvensters.

Wit bepleisterd interieur, verdeeld in drie beuken door twee rondbogige en twee spitsbogige scheibogen op pijlers. De rondbogige scheibogen ter hoogte van de laatromaanse vieringtoren. Middenbeuk overwelfd met houten spitstongewelf voorzien van gordelbogen, zijbeuken met eenvoudig houten tongewelf. Gewelfribben op engelenhoofdjes in 15de-eeuwse afsluiting zijkoren. Bevloering met afwisselend basècle of zwart marmeren tegels en wit marmeren tegels.

Mobilair voornamelijk in barok- en rococostijl. Het hoogaltaar en Onze-Lieve-Vrouwaltaar (noordelijke zijbeuk) zijn houten portiekaltaren uit 1642, uitgevoerd in barokstijl in het atelier van weduwe Adriaen Masyn, verguld en beschilderd door Jan Baptiste Delsusa. Het Sint-Cornelius-altaar (zuidelijke zijbeuk) is iets jonger (1646-1648). Eikenhouten communiebank (1730, naar ontwerp van Andries Dhollander) en twee eikenhouten biechtstoelen met bijhorende lambrisering (1718, naar ontwerp van Aernoudt Pulincx en 1729, naar ontwerp van Andries Dhollander) in Lodewijk XIV-stijl. Eikenhouten rococo preekstoel van rond 1750. Opvallend orgel toegeschreven aan Dominicus Berger (Brugge) met blauw geschilderde eiken- en grenenhouten orgelkast in late Lodewijk XV-stijl (1789), vermoedelijk afkomstig uit een gesupprimeerd klooster en gerestaureerd in 1973-1974 door de firma Loncke (Zarren). Doopvont in marmer, uitgevoerd door de firma Derre (Brugge), met koperen deksel gesmeed door Joseph Vanden Driessche (Oedelem), samen met het afsluithek (1844). Opvallend 17de-eeuws schilderij met de voorstelling van Maria en kind Jezus in een medaillon met vruchten en bloemen.