Eerste vermelding als Langlaer in 1281. Slechts het uiterst oostelijke deel van de gemeente, ten oosten van de Vrietselbeek, ligt in de vruchtbare Maasvlakte. Het grootste gedeelte ligt op de sedimentatieterrassen van de Maas(terras van Eisden-Lanklaar en Kempisch Plateau). Op dit gedeelte bevond zich oorspronkelijk het Ledebos, dat door overbeweiding en onverantwoorde houtkap geleidelijk aan veranderde in een uitgestrekte heide. Deze evolutie is af te lezen uit de Ferrariskaart (1771-77), waar nog een groot gedeelte van het Ledebos (Bois de Stockem) staat aangeduid. De laatste resten van het Ledebos verdwenen in de 1970. Nog in 1844 besloeg de heide 80% van de oppervlakte van de gemeente. Deze heide werd vanaf 1811 grotendeels bebost met naaldbossen om zandverstuivingen tegen te gaan. Thans wordt bij herbeplanting gekozen voor gemengd loofbos. Er is een aanzienlijk hoogteverschil tussen het laagste punt van de gemeente in de vallei van de Vrietselbeek (37,5 m) en het hoogste in de omgeving van Heuvelsven en Hoeveweg (94 m).

De oudste bewoningssporen klimmen op tot het Mesolithicum. Deze bewoningskernen situeerden zich op de hoog gelegen delen van het grondgebied, aangezien de loop van de Maas toen nog veel westelijker was: aan de waterrijke gronden bij Heuvelsven, Kruisven en Molenven op het Kempisch Plateau, en bij de Teutelberg.

Lanklaar is gelegen aan de Romeinse heirbaan Tongeren-Nijmegen, waarvan de huidige Oude Baan het tracé volgt. In het gehucht Mulheim of Mulhem bevond zich waarschijnlijk een belangrijk Romeins legerkamp. Volgens sommige auteurs zou Mulheim de Romeinse pleisterplaats Feresne van de Peutingerkaart zijn. De thans verdwenen kapel van Mulheim werd vermoedelijk gebouwd op de grondvesten van een Romeinse tempel (opgravingen in 1881). Deze kapel was één van de oudste van het Maasland, en behoorde tot het domein van Sint-Willibrordus, vermeld in het zogenaamde "testament van Willibrordus", waarin deze zijn bezittingen in Taxandrië aan de abdij van Echternach schenkt. Volgens de overlevering werden aan de ernaast gelegen Sint-Jansbron de eerste christenen van het Maasland gedoopt.

Later behoorde Lanklaar tot het domein Dilsen, dat in de 13de eeuw in het bezit kwam van de graven van Loon.

De oorsprong van de gemeente was waarschijnlijk een belangrijk Loons leen, Broeckhof, of Hof van den Boomgaerdt, dat het patronaat van de kerk bezat, in de 12de-13de eeuw eigendom van de familie de Pommerio, Loonse ministerialen. Zij waren leenmannen van de heer van Leut. Er bevonden zich op het grondgebied nog twee andere cijnshoven: Ganzenhof (eerste vermelding in 1442) en Vechtershof (eerste vermelding in 1649).

Op juridisch gebied behoorde het zeker vanaf de 15de eeuw tot de schepenbank van Dilsen. Het had echter een eigen gemeentelijk bestuur. Pas in 1809 wordt Lanklaar een zelfstandige gemeente.

Op kerkelijk gebied behoorde Lanklaar oorspronkelijk tot de parochie Eisden, later tot die van Dilsen. De Sint-Pauluskerk was een eigenkerk van de heren van Leut, die het patronaatsrecht bezaten. De tienden waren eigendom van de pastoor. De kerk was een quarta capella van de kerk van Dilsen. Wanneer in 1320 de kerken van Dilsen en Stokkem worden gescheiden, komt de kerk van Lanklaar onder die van Stokkem. De parochie wordt in 1836 onafhankelijk. De kerk lag oorspronkelijk in het centrum van het oude dorp. De huidige kerk, gebouwd in 1958, heeft een meer centrale ligging (Oude Baan).

Lanklaar was tot het eerste kwart van de 20ste eeuw een dun bevolkte landbouwersgemeente. In de 19de eeuw bevonden zich er slechts enkele kleine pannenbakkerijen en twee zandgroeven. Op het Dilserveld bevond zich een thans verdwenen, houten windmolen. De opening van de steenkoolmijn in het aangrenzende Eisden in 1923, gedeeltelijk gelegen op het grondgebied van Lanklaar (de spoorwegaansluiting en de thans verdwenen elektrische centrale), bracht grote veranderingen voor de gemeente, onder meer de sterke bevolkingstoename door inwijking circa 1935, maar vooral in 1948-50. Tot de sluiting van de mijn was deze de belangrijkste werkgever in Lanklaar. Een groot gedeelte van de immigranten waren vreemdelingen. In 1971 bestond een vierde van de bevolking uit vreemdelingen die tot 24 nationaliteiten behoorden. Vanaf de jaren 1970 wordt de steenkoolmijn van Eisden afgebouwd. Vervangende werkgelegenheid werd gevonden door de inrichting van een industrieterrein van internationaal belang in 1968, waar zich een aantal zeer grote bedrijven vestigden. De aanwezigheid van de uitgestrekte bossen bracht reeds sinds de eeuwwisseling de toeristische activiteit op gang (confer Hotel Beauséjour). Dit verklaart de aanwezigheid van de villa's in de buurt van de oude kanaalarm.

De primitieve kern van zowel Lanklaar (oostelijk gedeelte van de huidige Dorpsstraat, westelijk gedeelte van de Arnold Sauwenlaan, Kerkhofstraat, Steenhuis en Kruisstraat) als het zuidelijke gelegen gehucht Mulheim (huidige Rachels en Mulheim) liggen onmiddellijk ten oosten van de Romeinse heirbaan, die hier de voet van het Kempisch Plateau volgt. De kern van Lanklaar ontstond aan de Vrietselbeek. Zoals uit de Ferrariskaart blijkt zijn beide kernen zeer klein, en liggen volledig op de vruchtbare gronden van de Maasvallei. De oude kerk van Lanklaar lag onmiddellijk ten oosten van de heirbaan. De Ferrariskaart toont ten westen van de heirbaan de uitgestrekte Gersten Bosch Heyde, nog oostelijker het Bois de Stockem. Hier is geen enkele bebouwing. In 1812-13 wordt de steenweg Maastricht-Maaseik aangelegd, die eigenlijk een rechttrekking was van de Romeinse heirbaan, tot dan gebruikt als de Grand Chemin de Mastricht à Maseyck (Ferrariskaart). Circa 1825 wordt de Zuid-Willemsvaart ten westen van deze twee kernen aangelegd. Hierbij verdween in 1827 de oude Sint-Janskapel van Mulheim. Het kanaal diende ook als irrigatiekanaal voor de droge Kempische zandgronden. In de Atlas van de Buurtwegen (1844) merkt men dan ook dat de bebouwing tussen de voormalige Romeinse heirbaan en de Zuid-Willemsvaart is toegenomen. Over de Zuid-Willemsvaart is de belangrijke, thans verdwenen hoeve Vierveld ontstaan, aan de oude verbinding tussen het Maasland en de Kempen, richting Genk (thans Hoeveweg). Deze oude verbinding wordt in het midden van de 19de eeuw vervangen door de huidige N 75 (Boslaan). In 1930-34 wordt de Zuid-Willemsvaart rechtgetrokken, zodat het eigenlijke kanaal meer westelijk van de dorpskern komt te liggen. De oude kanaalarm bij het centrum blijft behouden. In 1940 worden alle bruggen over het kanaal opgeblazen. In 1904 wordt de buurtspoorweg aangelegd langs de Rijksweg; de lijn wordt in 1955 opgebroken.

De eerste immigranten die na de Tweede Wereldoorlog als gastarbeiders naar de steenkoolmijn van Eisden toestroomden, werden ondergebracht in het voormalige Russische krijgsgevangenenkamp, onmiddellijk ten westen van de Zuid-Willemsvaart, thans verdwenen voor het industrieterrein. De sociale woonwijk de Slakken werd reeds in 1928 gebouwd, maar in het begin van de jaren 1960, samen met de bouw van de wijk Noteborn, grondig verbouwd. De bebouwing nam vanaf het midden van de 20ste eeuw geweldig toe tussen de oude kernen van Lanklaar en Mulheim. Ook ten oosten en ten westen van de Boslaan ontstonden nieuwe woonwijken op het westelijke deel van het grondgebied van de gemeente. In de jaren 1970 hadden hier grote verkavelingen plaats. Vóór deze periode bevonden er zich slechts een paar hoeven aan de Hoeveweg en de Boslaan.