Enkele kranskapellen in het koor dragen nog hun oorspronkelijke beschildering.
De apsiskapel van Onze-Lieve-Vrouw van de Rozenkrans heeft een fraaie versiering. Vanuit de sluitsteen vertrekt op ieder veld van het zesdelige gewelf een levendig krullend rankwerk met gekleurde bladeren en fantasievolle bloemen, die zich ontwikkelen tussen de gewelfribben. Aan het uiteinde van deze ornamenten zijn telkens twee engelen voorgesteld waarvan sommigen met muziekinstrumenten. Ze zijn omgeven met tekstbanderollen. De profetieën die hierop staan hebben betrekking op Maria en zijn ontleend aan de Psalmen, de Ecclesiastica, het Hooglied van Salomon, de profetieën van Isaïas en Jeremias, de Genesis en het evangelie van Lucas. Onder een van de engelen is het jaartal M.CCCC.XCVII (1497) geschilderd. Na hun ontdekking tijdens de restauratiewerken aan het gebouw in 1900-1902 onder leiding van architect Julius Goethals, werden de schilderingen gerestaureerd (vervolledigd en gedeeltelijk overschilderd) door Remi Goethals en opnieuw opgefrist na een brand in 1947.
Op het gewelf van de kapel van de Zoete naam Jezus is een gelijkaardige compositie te zien. Hier zijn de vier gewelfvelden ook versierd met rankwerk en bloemen en engelen die twee aan twee gegroepeerd zijn. Zij dragen passiewerktuigen: lans, rietstengel, kruis en geselroede. Circa 1500. Architectuurpolychromie op de ribben en op de gewelfsleutel. Ontdekt 1900-1902. In de eerste zuidelijke travee van de kooromgang zijn op het gewelf resten aanwezig van rankwerk met bloemen en drie (van acht) figuren met nimbus en groot kruis: Maria, Johannes, Veronica, Simon van Cyrene en tekstbanderol: STABANT JUXTA CRUCEM JHESUS. Circa 1500. Ontdekt 1900-1902.
Het gewelf in de kapel van de Heilige Crispinus en Heilige Crispinianus, voorheen toegewijd aan de Heilige Drievuldigheid, is eveneens versierd met rankwerk en bloemen. Tekstbanderollen verwijzen naar de Vreze Gods. Circa 1500. Ontdekt in 1948.
In de kapittelzaal, mogelijk vroeger inkomportaal, bevindt zich een Laatste Oordeel op het oostelijk boogveld van de zuidmuur. Christus als wereldheerser met zwaard en lelie troont centraal op de regenboog, zijn voeten op de wereldbol. Maria en Johannes zijn de voorsprekers met achter hen de apostelen. Aartsengel Michael wijst de uitverkorenen de weg naar het Paradijs, waar Petrus met sleutel hen verwelkomt. De verdoemden worden door duivels in de hel getrokken. Doden herrijzen uit hun graf. Circa 1500.
- BERGMANS A. 1998: Middeleeuwse muurschilderingen in de 19de eeuw. Studie en inventaris van middeleeuwse muurschilderingen in Belgische kerken, KADOC Artes 2, Leuven, 296 (met bibliografie, archivalische en iconografische bronnen).
- BUYLE M. 1994: Aalst, Sint-Martinuskerk, in BUYLE M. & BERGMANS A., Middeleeuwse muurschilderingen in Vlaanderen, M&L Cahier 2, Brussel, 78-79.
- ROBIJNS L. 1980: De Sint-Martinuskerk van Aalst, 2, Kunstwerken, 1, Inventaris van het Kunstpatrimonium van Oost-Vlaanderen 14, Gent, 17-28.