Oudste vermelding in 1345 als Kynre. Gelegen in het overgangsgebied tussen Kempen en Maasland, oorspronkelijk gekenmerkt door grote heide- en moerasgebieden. Het is een vlak gebied, met hoogste punt op 34 meter. Ten noorden begrensd door de moerassige vallei van de Abeek. Parallel hiermee loopt de Lossing (gegraven tussen 1865 en 1866), die via een scherpe bocht ten westen van de Weertersteenweg naar Ophoven en de Maas stroomt. De Itterbeek doorstroomt de gemeente ten zuiden van het centrum van zuidwest naar noordoost. In het zuidoosten van de gemeente ligt het Batven/Deunsven, een natuurgebied met struikvegetatie. Het Urlobroek is een waardevol natuurgebied, gelegen op het grondgebied van de gemeenten Kinrooi en Bree; het wordt gekenmerkt door bossen en een groot weidecomplex met specifieke vogelbevolking.

Een overvloed aan prehistorische vondsten bewijst de vroege bewoning van de plaats, opklimmend tot het paleolithicum. Onder meer in Hagendoren, in de nabijheid van de Itterbeek, het Batven en het Deunsven werden neolithische vondsten gedaan (1930). Ook resten uit de Ijzertijd.

In 1909-10 werd een Romeinse begraafplaats ontdekt. Ook resten van substructies en munten wijzen op bewoning in de Romeinse tijd.

De gemeente ontstond pas in 1843 bij de definitieve grensafbakening tussen België en Nederland. Het huidige grondgebied behoorde oorspronkelijk tot de drie omliggende gemeenten: Bomerstraat en Broekhoek onder Neeritter (Nederland), Hagendoren onder Ophoven, en de overige gedeelten onder Kessenich; deze laatste delen werden pas in 1845 bij Kinrooi gevoegd. De wijk Manestraat daarentegen, die steeds bij Kinrooi had gehoord, werd bij Molenbeersel gevoegd. Juridisch behoorden de verschillende gehuchten tot de schepenbank van de gemeente waartoe ze behoorden.

Kinrooi bezat een schans, opgericht in de 17de eeuw, en gelegen in de buurt van de huidige Schansstraat.

In 1470 wordt een kapel opgericht met steun van de vrouwe van Kessenich, toegewijd aan Sint-Martinus. In 1474 wordt bij de kapel een klooster van reguliere kanunniken van Sint-Augustinus gevoegd, in 1480 vervangen door een congregatie van reguliere kanunnikessen van dezelfde orde. Deze priorij van Onze-Lieve-Vrouw wordt in 1495 naar Maaseik overgebracht. De kapel, die ressorteerde onder de parochie Kessenich, werd in de 17de - 18de eeuw door een rector bediend. Bij de kapel hoorde toen een kluis waarin enkele kluizenaars verbleven. In 1842 wordt Kinrooi een zelfstandige parochie, in 1856 wordt een nieuwe kerk gebouwd naast de oude kapel.

Kinrooi vertoont alle kenmerken van een Kempisch dorp. Op de Ferrariskaart (1771-77) wordt de huidige kern ingenomen door het gehucht Kinderen (Kinrooi), slechts bestaande uit een paar huizen. Van nog kleinere omvang waren de gehuchten Manestraat en Hagedoren. De gronden, van oudsher geschikt voor landbouw, waren zeer beperkt en gelegen rondom deze kleine kernen. Het grootste deel van het grondgebied werd ingenomen door heide en moerassen, die als gemene gronden in gebruik waren door de inwoners van Kessenich, Ophoven, Neeritter, Tongerlo, Bree en Neeroeteren. De Groote Broek, waar zich thans het gehucht Broekhoek bevindt, strekte zich uit over het hele noorden van de gemeente tot Neeritter. Ten westen, richting Tongerlo en ten zuiden, richting Neeroeteren bevonden zich uitgestrekte heiden en vennen. Er waren verschillende twisten tussen de gemeenten onderling over deze gemene gronden. In 1827 werden ze officieel verdeeld tussen de gemeenten; in 1846 werd ook het Broek verdeeld. Vanaf 1865 begon de verkoop van deze gronden aan privépersonen. Tussen 1865 en 1866 werd de Lossing gegraven met de bedoeling de vochtige heidegebieden te draineren en deze gemene gronden vruchtbaar te maken. Hoewel Kinrooi steeds een landbouwersdorp was, begon de eigenlijke ontplooiing van de landbouw na deze periode. Zij kenmerkt nog steeds gedeeltelijk het uitzicht en een gedeelte van de bedrijvigheid van de gemeente. Gezien de aard van de bodem lag het gebruik ervan als weilanden en de specialisatie in de veeteelt, meer bepaald de melkveehouderij, voor de hand. Kenmerkend hiervoor is de oprichting in 1896 van de samenwerkende melkerij Sint-Gerlachus. De gemeente is in de tweede helft van de 20ste eeuw echter hoofdzakelijk een woonforenzengemeente geworden. Het aantal inwoners nam sinds het midden van de jaren 1970 geweldig toe, van 2.304 in 1970 tot 9.733 in 1977.

Thans komen verschillende grote invalswegen, de Breeërsteenweg, de Weertersteenweg en de Neeroeterensteenweg langs vijf zijden in een stervormig patroon samen aan het huidige Dorpsplein in het vroegere gehucht Kinderen, dat visueel echter eerder de indruk van een kruispunt dan van een plein geeft. De kerk bevindt zich in een zijstraat ten zuidwesten hiervan. De dichtste concentratie van bebouwing situeert zich hier, in lintbebouwing uitstralend aan de invalswegen. Dit dorpspatroon is vrij recent. In 1866 werd de steenweg naar Maaseik aangelegd (Weertersteenweg); enige jaren later werd de steenweg naar Bree aangelegd (westelijk deel van de Breeërsteenweg). Na 1900 werden de aarden wegen naar Kessenich (oostelijk deel van de Breeërsteenweg) en Neeroeteren (Neeroetersesteenweg) door steenwegen vervangen. De rest van het grondgebied kent een verspreide bebouwing over heel de oppervlakte, aan sommige secundaire wegen verdichtend tot lintbebouwing. De oorspronkelijke gehuchten, Bomerstraat, Driesenstraat, Hagedoren, Broekhoek zijn hierdoor nog nauwelijks als kernen te onderscheiden. Hier bevindt zich de oudste bebouwing, voornamelijk bestaande uit langgestrekte hoeven uit de tweede helft van de 19de eeuw. De grote, historische hoeven, zoals het Hooverhof en het Larenhof, respectievelijk afhankelijk van het kapucijnenklooster en het agnetenklooster van Maaseik, zijn op een paar uitzonderingen na grondig verbouwd om als melkveebedrijf te kunnen functioneren.

De tramlijn Maaseik-Weert, ingehuldigd in 1910 doorkruiste de gemeente. De lijn bestond gedurende 25 jaar.