In oktober 1946, kort na Nationale Werf van Borgerhout, wordt Braem belast met de Nationale Werf van Deurne, zijn derde opdracht voor het Ministerie van Wederopbouw. Deze nieuwe wijk moet worden ingeplant op de gronden van het Fort van Deurne, opgetrokken in 1852-1854 als onderdeel van het zogenaamde Verschanst Kamp Antwerpen, de voorloper van de Brialmontvesting. Het vijfhoekige omwalde fort is gelegen tussen de Herentalsebaan, de Muggenberglei en de Waterbaan in het dichtbevolkte Deurne-Zuid. In afwachting van de opmaak van het Bijzonder Plan van Aanleg voor het 'Fortje', waarvoor Braem samen met ingenieur August Mennes het ontwerp moet leveren, wordt het project alvast in twee fasen opgesplitst. De eerste fase, die 24 eengezinswoningen en twee appartementsgebouwen omvat en beperkt blijft tot de noordwestelijke buitenrand van het gebied, kan meteen worden aangevat. De in omvang veel grotere tweede fase, die op de gronden van het fort zelf gepland is, wordt uitgesteld tot 1947. Van die eerste fase krijgen Braem, Geo Brosens en Flor Laforce opdracht tot het ontwerp van twaalf eengezinswoningen aan de Gabriël Vervoortstraat. Het ontwerp en de bouw van deze woningen verloopt ongeveer gelijktijdig met de Nationale Werf van Borgerhout. De eerstesteenlegging door Bob Claessens, de kabinetschef van minister van Wederopbouw Jean Terfve, vindt plaats op 12 november 1946. De werken worden in de zomer van 1947 aangevat en in oktober 1948 opgeleverd. De opdracht voor de overige twaalf woningen en de twee appartementsgebouwen, gelegen aan de Frans Baetenstraat en de Dokter Romain De Velstraat, gaat naar de jonge Brusselse architect Louis Kuypers, die zich voor zijn ontwerp volledig richt naar dat van Braem. Deze bouw gaat iets later van start en wordt in de loop van 1949 voltooid. In tegenstelling tot de Nationale Werf van Borgerhout, is op dat moment nog geen enkele van de woningen verkocht.

De twaalf woningen die Braem voor de eerste fase van de Nationale Werf van Deurne ontwerpt, zijn van hetzelfde type als die in Borgerhout, met een bebouwde oppervlakte van 45 vierkante meter, in een licht vereenvoudigde uitvoering. Aanvankelijk voorziet hij in drie stroken van vier geschakelde woningen, die voor een oost-westelijke oriëntatie in zaagtand op de rooilijn worden ingeplant. Dit worden uiteindelijk twee stroken van respectievelijk vier en acht woningen, met een zuidelijke oriëntatie parallel aan de straat en noordelijk aan de tuin. Ook hier wordt de plattegrond, die in de breedte van het perceel is uitgewerkt, in de dwarsrichting opgedeeld. De woonkamer met een zit- en een eethoek neemt daarbij de volledige diepte in, met grote raampartijen aan beide zijden. De andere helft groepeert de inkom- en traphal met vestiaire, fietsenberging en wc aan de straatkant, met de keuken aan de tuinkant. De verdieping telt één grote en twee kleine slaapkamers met inbouwkasten voor kleding en linnen, een badkamer met stortbad en een kleine berging. Ook de constructiewijze is dezelfde, met een combinatie van dragend metselwerk, geprefabriceerde betonnen vloerelementen, houten blokramen met standaardafmetingen en niet dragende binnenmuren in assesteen. Voor het parement van voor- en achtergevels wordt hier nog maar één kleur baksteen gebruikt, in een beige tint en met een ruwe textuur, maar verder is de opbouw identiek.

Van 8 tot 17 oktober 1948 organiseert het departement van de nieuwe minister van Wederopbouw, Robert De Man, een openingstentoonstelling met modelinterieurs in de Nationale Werf van Deurne, waarvoor ontwerpers, decoratiefirma's en warenhuizen worden uitgenodigd. Soortgelijke tentoonstellingen vonden eerder dat jaar ook al plaats in Jambes en Ertvelde-Rieme. Het ministerie wil daarmee niet alleen promotie voeren voor de Nationale Werven, maar ook aantonen dat de wettelijk bepaalde oorlogsschadevergoeding volstaat voor de aankoop van eenvoudig maar goed meubilair, waarmee de rationeel opgevatte minimumwoning naar behoren kan worden uitgerust. De jonge ontwerpers Aimée Huysmans en Raymond Van Loo presenteren in de woningen van Braem prototypes van eenvoudige, lichte houten meubeltjes in een eigentijdse vormgeving, terwijl het warenhuis A l'Innovation uitpakt met klassieke stijlmeubels.

In het najaar van 1946 en het begin van 1947 levert Braem meerdere ontwerpen voor het aanlegplan van het 'Fortje', die op last van het gemeentebestuur geleidelijk evolueren van een zuivere toepassing van de neighbourhood unit naar CIAM-normen, tot een grondbezetting met een zo groot mogelijke densiteit. In een eerste versie wordt het fort, dat dan nog noodhuisvesting biedt aan 50 dakloze gezinnen, in het centrum van de aanleg gevrijwaard. In dit plan dient het bestaande vestingcomplex integraal te worden omgebouwd tot een community centre, met culturele en sportinfrastructuur gericht op de 25 000 inwoners die Deurne-Zuid op dat moment telt. Het fort zelf krijgt daarbij een nieuwe functie als feestzaal, terwijl de sportterreinen worden geïncorporeerd in een groenaanleg op de vestinggronden. Het aandeel huisvesting blijft beperkt tot 120 eengezinswoningen, geschakeld in stroken van drie tot veertien eenheden, die met een gevarieerde inplanting en oriëntatie de vijfhoekige perimeter van de vesting volgen, aan de buitenrand van de gedempte vestinggracht. Eerst moeten in een tweede versie de sportterreinen grotendeels wijken voor een blok van 50 woningen achter het fort. Vervolgens maakt in een derde versie ook het fort plaats voor extra woningen, en wordt het community centre ingekrompen op maat van de wijk. In de uiteindelijke vierde versie groeit het aantal wooneenheden verder aan tot 264 eengezinswoningen, en 7 appartementsgebouwen met in totaal 49 flats, die met een maximale densiteit worden ingeplant. Zoals in de eerste versie blijven de woonstroken aan de buitenrand behouden, maar wordt alle overige bebouwing gegroepeerd binnen de vijfhoek van de vesting. De inplanting van de woningen volgt de omtreklijnen van de vroegere bastions en ontsluit het binnengebied door een dwarsas. De appartementsgebouwen worden daarbij als verticale accenten gepositioneerd in de zichtassen. Tot de collectieve voorzieningen behoort een winkelgalerij verbonden met een café, die in een brede boog aan een parkzone grenst, en zo de toegang tot de wijk vormt. In dit schema wordt van het vroegere fort enkel de moeilijk te bebouwen vestinggracht gevrijwaard, met een invulling als openbare groenzone.

Voor de ontwikkeling van de tweede fase van de Nationale Werf van Deurne wordt begin maart 1947 een team van overwegend jonge architecten samengesteld, met naast Braem opnieuw Brosens en Laforce, Simonne Guillissen-Hoa, L. Theo Van Looij en het echtpaar Willy Van Gils en Clara Bourgonjon, die elk afzonderlijk een deel van de opdracht krijgen toegewezen. Onder elkaar delen zij het aanlegplan op in samenhangende zones van gemiddeld 1,5 hectare, telkens bedoeld voor een 40-tal woningen en een appartementsgebouw. Eind maart waarschuwt Guillissen-Hoa voor "tentatives de sabotage", gericht tegen de architecten die hun aanstelling danken aan de communistische minister van Wederopbouw Jean Terfve, sinds het aantreden van zijn opvolger, CVP-minister Robert De Man. Eind april worden zij door het Ministerie van Wederopbouw inderdaad gesommeerd de lopende studie te staken, wat het einde betekent van de Nationale Werf van Deurne. In maart 1948 krijgt dezelfde groep architecten als compensatie een contract aangeboden voor in totaal 250 woningen in Antwerpen en omgeving, maar ook dit blijft uiteindelijk zonder gevolg. Vanaf 1960 zal Braem op de vroegere vestinggronden toch nog een sociale woonwijk kunnen bouwen, rond het tot sport- en cultuurcentrum omgevormde fort, de Arenawijk.

De zone die Braem in deze tweede fase voor zijn rekening neemt, sluit aan op zijn eerste fase aan de noordrand van het terrein en bestaat verder uit de gebogen strook met woningen en winkels die de vijfhoek aan de westzijde afschermt, ter hoogte van het huidige Arenaplein. Hij maakt voorontwerpen voor drie types eengezinshuizen, een appartementsgebouw, een type winkelhuis en een café. Tegelijkertijd werkt hij aan zijn inzending voor de architectuurwedstrijd die begin 1947 door het Ministerie van Wederopbouw voor de Nationale Werven wordt uitgeschreven. Beide ontwerpen maken niet alleen gebruik van eenzelfde typeplan voor de woningen, maar hebben ook de constructiewijze gemeen. In tegenstelling tot de Nationale Werven van Borgerhout en de eerste fase van Deurne, die op dat moment in aanbouw zijn, past Braem hier voor het eerst een semigestandaardiseerd bouwsysteem toe. Bij de eerste projecten ziet hij zich nog genoodzaakt rekening te houden met de specifieke aard en de doelgroep van de onderneming, met een "brave architectuur" als resultaat. Toch is hij er zich terdege van bewust dat slechts een rationalisatie van de bouwtechniek het land economisch in staat zal stellen het woonniveau op een aanvaardbaar peil te brengen voor brede lagen van de bevolking. Vermoedelijk uit de beginfase van zijn betrokkenheid bij het programma van de Nationale Werven dateert een schetsontwerp in meerdere varianten voor een woning met een gestandaardiseerd minimumprogramma en stalen vliesgevels tussen dragende scheimuren, een principe dat hij vanaf de jaren 1950 veelvuldig zal toepassen. In het wedstrijdontwerp en in de tweede fase van Deurne brengt hij dit principe van het maison usinée terug tot een gemengd bouwsysteem, aangepast aan de beschikbaarheid van de bouwmaterialen. Vanwege de schaarste aan vooral ijzer, staal en zelfs hout in de eerste naoorlogse jaren sluit hij een meer doorgedreven systeembouw voorlopig uit, nog afgezien van de omslag die de industrie hiervoor zou moeten ondergaan. Het constructiesysteem is daarom gebaseerd op dragend metselwerk voor de voor- en achtergevels, in combinatie met geprefabriceerde holle welfsels en gevelbalken in gewapend beton, stalen schrijnwerk en gevelpanelen met ingewerkte gasradiators en één type houten trap. De prefabricatie voert hij het verst door in de opbouw en de afwerking van het interieur, gericht op een snelle montage en het overbodig maken van alle pleister- en schilderwerk. Zo past hij voor de indeling modulaire inbouwkasten toe, of tussenwanden met een houten frame en plaatmateriaal in geperste houtvezel zoals Celotex, in Unalit of limbatriplex, en geëmailleerd eterniet in keukens en badkamers.

De drie types eengezinswoningen hebben hetzelfde programma maar worden naargelang van de oriëntatie in de breedte of de diepte van het perceel uitgewerkt. Zij omvatten een inkom- en traphal met wc, vestiaire en fietsenberging, een woonkamer, een keuken en een berging voor tuingerief op de begane grond, één grote, twee kleine slaapkamers, een badkamer met stortbad en een berging op de verdieping. Het type A met de voorgevel op het zuiden, is identiek aan het woningtype uit het wedstrijdontwerp, met een bebouwde oppervlakte van 10 meter breed op 5 meter diep. De woonkamer met een zit-, eet-, spreek- en studiehoek neemt daarbij de linkerhelft van de benedenverdieping in, het inkomgedeelte aan de straat en de keuken aan de tuin de rechterhelft. Ook de bovenverdieping heeft een parallelle indeling met de gang aan de achtergevel. Type B, met de voorgevel op het noorden, werkt dezelfde indeling in de diepte van het perceel uit, met de woonkamer aan de tuinkant. Type D ten slotte is identiek aan het woningtype uit de eerste fase. Het appartementsgebouw telt een souterrain en vier woonlagen met telkens twee identieke flats in spiegelbeeld rond een centraal trappenhuis. Ze omvatten een woonkamer met eethoek en terrasloggia vooraan en drie slaapkamers achteraan. Keuken, badkamer en wc vormen hier een natte cel. Enkel de voorgevel is opgebouwd met een betonskelet, ingevuld met glasstenen in de middentravee. Voor het laatste onderdeel van het programma, de winkelgalerij en het café, grijpt Braem terug naar de typologie van het wijkcentrum uit zijn wedstrijdontwerp voor Nieuw Kruyningen in Deurne uit 1943. Ook nu vormt het café een hoekrotonde met doorlopende beglazing, die ruimte biedt voor een gelagzaal op de begane grond, een grote en een kleine vergaderzaal op de verdieping en een aanpalende woning over twee niveaus. De winkelhuizen, die hier met een doorlopende luifel op aansluiten, omvatten een winkelruimte met garage en magazijn, en woongelegenheid achteraan en op de verdieping.