De kerk is gelegen bij de "inkom" vanuit Brugge. Ze wordt circa 1089 gebouwd op één van de vier terpen waaruit Uitkerke is ontstaan, gelegen ten noorden van de Dulleweg. Rond 650 zou Sint-Elooi hier reeds een eerste bidplaats gesticht hebben, en de parochie Utkerca is in 961 vermeld. In 1572 wordt de kerk vermoedelijk verwoest door de Watergeuzen; een kerkrekening uit 1578-1579 vermeldt dat het gebouw grotendeels verwoest was door een brand. Een document 1579 beschrijft de herstelling van de kerktoren door Frans van de Vare. De drie klokken worden uit de toren gehaald, één ervan is zo zwaar beschadigd dat er een nieuwe wordt besteld in Brugge. Een aantal pijpen van het orgel worden vervangen door Pieter Laruwe. Het schip en de zijbeuken worden opnieuw van een dak voorzien. 1643-1645: herstellingswerken aan de vloer van de kerk. Een toen herbouwd portaal, nu dichtgemetseld en opgenomen in de muur aan de westzijde, draagt een steen met de datum "1645". Een nieuwe preekstoel voor de kerk wordt besteld bij Walram Rombout van Lissewege. Een bewaarde schets van de Sint-Amanduskerk van 1723 ontvouwt het volgende grondplan: de toren op het westeinde, daarachter het middenschip tussen twee zijbeuken. De noordelijke beuk is toegewijd aan de Onze Lieve Vrouw, de zuidelijke beuk aan Sint-Jan (voor de verwoesting van de kerk door de Watergeuzen in 1572 was dit altaar waarschijnlijk toegewijd aan Sint-Pieter). Door het aanleggen van de Blankenbergse Steenweg in 1723 komt de sacristie op een aarden weg naast de Steenweg te staan, het oostelijke gedeelte van het kerkhof verdwijnt.

In 1866 wordt de kerktoren hersteld. In 1866 verkeert de gotische kerk in bouwvallige staat. Het kerkbestuur neemt eerst de restauratie in overweging, maar beslist in 1889 om een nieuwe, grotere kerk in neogotische stijl te bouwen omheen de bestaande kerk. Er gebeuren ingrijpende veranderingen in het oorspronkelijke grondplan, waardoor een nieuw architectonisch concept ontstaat. De noordelijke Onze-Lieve-Vrouwebeuk en de sacristie worden afgebroken. De noordzijde van de middenbeuk en het portaal onder de toren worden dichtgemaakt waardoor het vroegere middenschip omgevormd wordt tot de Onze-Lieve-Vrouwebeuk. De oude zuidelijke zijbeuk wordt verhoogd, naar het westen verlengd en voorzien van een ingangspoort. De Heilig Kruiskapel die deze vroegere zijbeuk in het oosten afsloot, verdwijnt en op die plaats komt het nieuwe koor. Er wordt een nieuwe zijbeuk aangebouwd, toegewijd aan Sint-Amandus. In 1889 werd de nieuwe sacristie opgetrokken op de plaats van het vroegere kerkhof. De verbouwingen uitgevoerd in neogotische stijl zijn volledig voltooid in 1892. Van het oorspronkelijk kerkgebouw opgetrokken in gotische stijl, is het oud metselwerk nog zichtbaar aan de onderzijde van de toren en in de muur op het oosteinde van de huidige noordbeuk.

In 1952 wordt een nieuwe begraafplaats langs de Blankenbergse Dijk aangelegd, circa 300 m ten zuidwesten van de kerk. Het kerkhof rond de kerk bestaat tot 1980, nu is enkel een gedeelte van de kerkhofmuur bewaard.