Het gehucht kent een oude bewoning zoals blijkt uit vondsten uit neolithicum en bronstijd.

De eerste vermelding van Heppeneert dateert van 1202 (Heppenardt). In 1397 wordt een laathof Heppenart vermeld. Het dorp lag oorspronkelijk vlak bij de Maas, maar de stroom nam in de loop der tijden een meer oostelijke loop aan. De abdij van Thorn bezat in Heppeneert het veerrecht op de Maas, de tienden en bijna alle vormen van jurisdictie, evenals het visrecht.

Waarschijnlijk behoorde Heppeneert oorspronkelijk tot hetzelfde domein als Aldeneik. De aanspraken die de abdis van Thorn op Heppeneert maakte gaan terug op een schenking van Ansfried de Jonge, die op het einde van de 10de eeuw leefde, een neef was van Otto I en deze op zijn Italiaanse expedities vergezelde. Toen zijn echtgenote Hilsondis en zijn dochter Benedicta wensten in het klooster te treden, stichtte hij voor hen de abdij van Thorn. Nadat hij op verzoek van bisschop Notger van Luik geestelijke was geworden en in 995 het bestuur van het bisdom Utrecht op zich genomen had, schonk hij zijn goederen in het Maasland, waaronder Heppeneert, aan Thorn.

Het grondgebied was tweeledig. Groot Heppeneert had een kerk vóór 1202, een filiaal van Neeroeteren; de pastoor van Neeroeteren had er het begevingsrecht; vanaf 1567 was dit in de handen van de kruisheren, die vanaf dan ook de parochie bedienen. In 1807 wordt de kerk van Heppeneert een rectoraat van de parochie Maaseik, om in 1842 haar zelfstandigheid terug te krijgen.

Klein Heppeneert was het noordelijk deel van het dorp, ten noorden van de Ganzenkotbeek, dat tegen Maaseik aanleunde. De abdis van Thorn deelde hier de heerlijke rechten met de graaf van Loon. Op kerkelijk gebied was het afhankelijk van Aldeneik.

Heppeneert had een eigen molen, in de 17de eeuw Pletsmeuleke genaamd, aan de samenvloeiing van de Diepbeek en de Ganzekotbeek, doch hij was reeds verdwenen in 1759.

Heppeneert is een langgerekt straatdorp, oorspronkelijk gelegen op de linker Maasoever, zodat alleen de westzijde van de straat bebouwd is.