Achterin gelegen voormalige kapel van het minderbroedersklooster of klooster van de paters franciscanen-recolletten, heropgericht in 1866 op initiatief van Karel Stroo (1793-1873) in zijn woning en tuin aan de zuidzijde van de Markt.

Een eerste recollettenklooster werd opgericht in Eeklo in 1664 op de plaats van het oude convent van de grauwzusters van Onze-Lieve-Vrouw Ten Doorn en werd afgeschaft tijdens de Franse overheersing in 1797. In 1820 werden deze gebouwen verkocht aan kanunnik Triest voor het nieuwe klooster van de Zusters van Liefde, dat uitgroeide tot het Instituut Onze-Lieve-Vrouw Ten Doorn. In 1833 werd de Franciscanenorde opnieuw opgericht in België. Op 23 januari 1866 kwamen de eerste drie Minderbroeders uit Gent terug naar Eeklo in het huis dat hen ter beschikking gesteld was aan de Markt en richten er een voorlopige kapel in op de gelijkvloerse verdieping. Eerstesteenlegging van de kapel achteraan in de tuin op 26 mei 1866 door monseigneur Bracq, bisschop van Gent. Het ontwerp was van broeder Germanus Van Haag, de uitvoering van de lokale aannemer Désiré Heysse, de financiering door ridder Stroo. Inzegening in maart 1868. In 1874 (zie gevelsteentje in de achtergevel) werd tussen het huis en de sacristie van de kapel een vleugel bijgebouwd naar ontwerp van stadsarchitect Vincent Reychler. Deze omvatte een keuken, refter en ziekenkamer op de begane grond en enkele cellen op de bovenverdieping. In 1876 werd het hele domein door een bakstenen muur afgesloten.

Tot 1897 was de kerk enkel toegankelijk via een poort in het aanpalende huis aan de Markt. Door aankoop en sloop hiervan kon een brede toegang met hek aan de Markt aangelegd worden, goedgekeurd in 1898. Begin 1897 ook werd gestart met de bouw van een nieuw klooster achter de kapel, naar ontwerp van de Eeklose architect Frans van Wassenhove, uitgevoerd door aannemer Alfons Heysse.

Het oude kloosterhuis aan de Markt werd verkocht en gesplitst in drie woningen, Markt nummer 29, 31, 33 waarvan nummer 31, 33 in kern bewaard bleven, evenals de achterbouw van 1874.

In december 1972 werd de toren van de kapel afgenomen. Sinds 1975 is het centrum voor bijzondere jeugdzorg en opleidingscentrum "De Waai", opgericht door de Salesianen van Don Bosco in 1969 in de Waaistraat, in twee vleugels van het voormalig klooster gevestigd. Op 15 augustus 1986 verlieten de minderbroeders Eeklo. De kapel kwam in 1986 onder leiding van de Salesianen van Don Bosco tot augustus 1998. In 2002 werd de kapel overgedragen aan de vzw Paterskerk die het gebouw wil restaureren en herbestemmen voor sociaal-culturele activiteiten.

Geplaveide toegang van 1897 begrensd door hoge bakstenen muren met spaarvelden en later afgeboord door lage muurtjes met ezelsrug tussen vierkante pijlers met natuurstenen bekroning met driepasmotief in de zijkanten. Rechts, in 1995 geplaatste replica in gebronzeerd polyester van de marmeren buste van ridder Stroo, van beeldhouwer P. de Vigne-Quyo, uit 1854, op gemetste sokkel met gedenksteen en opschrift: "Ridder Karel/ Stroo/ schenker en bouwer/ van klooster en kerk/ 1793-1873". IJzeren toegangshek aan de Marktzijde aan hoge vierkante pijlers, thans verdwenen.

Neogotische kapel, opgetrokken uit verschillend getinte baksteen op een cementeerde plint met verwerking van zandsteen voor portaal, waterlijsten, consoles en pinakels (verdwenen hogels met kruisbloem). Afdekkend lichthellend leien zadeldak. Brede voorpuntgevel van drie traveeën gemarkeerd door hoek- en middensteunberen met bekronende pinakels en afgewerkt met een klimmend spitsboogfries op geprofileerde consooltjes. Uitspringend portaal met bakstenen voorpuntgevel met zandstenen hoekpilasters, schouder- en topstuk. Spitsboogpoort met archivolten en hoekstenen; bekronende spitsboognis met beeld van Sint–Franciscus op sokkel. Groot spitsboogvenster met neogotische tracering in de middenbeuk en radvensters boven spitsboognissen in de zijbeuken. Oorspronkelijke achthoekige toren met twee geledingen onder hoge naaldspits boven de eerste travee, verdwenen in 1972. Rechts aansluitende smalle toegangstravee tot het klooster, met twee bouwlagen en dakvenster met puntgevelbekroning. Spitsboogdeur en venster met behouden schrijnwerk met Y-tracering. Zijgevels geritmeerd door steunberen en verlicht door hoge spitsboogvensters met neogotische tracering, gevat in spitsboognissen. Aflijnende baksteenfries. Aansluitend hoogkoor van twee traveeën met gelijkaardige vensters en blinde vijfzijdige sluiting geritmeerd door sterk versneden steunberen en afgewerkt met baksteenfriezen.

De plattegrond ontvouwt een driebeukige hallenkerk van zeven traveeën met rechtgesloten zijkoren en hoogkoor van twee traveeën met vijfzijdige blinde sluiting. Beuken gescheiden door spitsboogarcade met slanke bundelpijlers op veelzijdige arduinen sokkels en krulbladkapitelen, in het schip met diensten en blinde bovenlichten. Overwelving met imitatiegewelven in stucwerk met stergewelven in het schip en kruisribgewelven in de zijbeuken, neerkomend op gebundelde halfzuilen. Hoogkoor geleed door omlopend hoofdgestel met bladfries en kroonlijst boven een uitgewerkte spitsboogfries op fijne diensten; travee-indeling gemarkeerd door zuiltjes met sokkel en engelenbeelden. Blinde bovenste geleding met spitsboognissen en oculi.

Oorspronkelijk rijk interieur geïnspireerd op de rijke hoog- en laatgotiek, thans volledig witgeschilderd, (over de oorspronkelijke neogotische polychromie), met geaccentueerde grijsgeschilderde kapitelen en boogfriezen en roodgeschilderde gewelfkappen. Modern "Laatste avondmaal" in de koorsluiting. Behouden zwartmarmeren vloer, in het koor met witmarmeren geometrische motieven. Sacristie met behouden kamerhoge en lage kasten met typisch vouwbladmotief.

Nog aanwezig mobilair: Koorgestoelte door K. Smitz, van 1880; preekstoel door K. Smitz, van 1883 met reliëfs van Sint-Franciscus en Franciscaanse heiligen; vijf neogotische biechtstoelen door K. Smitz, uitgevoerd tussen 1879 en 1892; lambriseringen met kruiswegkapellen door K. Smitz, van 1880-81 met polychrome kruiswegstaties door Mathias Zens; balustrade van het doksaal, door K. Smitz, van 1880. Zes neogotische glasramen in schip door Louis Grossé (Brugge), (tweede raam rechts gesigneerd) Samuel Coucke (Brugge), en Amaat D'Hondt (Eeklo), onder meer het: Sint-Antoniusraam met onderaan banderol met naam van schenker "Polydoor Lippens dono dedit" en jaartal "A. D. 1887"; Mariaraam met naam van de schenkers "Dono dederunt Paulina en Francisca Lippens" en jaartal "A.D. 1887"; Sint-Franciscusraam met onderaan banderol met opschrift "Paray le Monial : anno domini/ 1873" en jaartal "anno domini/ 1888".