De eerste vermelding, Guodenghoven, dateert van 980. Etymologisch klimt de naam met zijn -hoven-suffix op tot de Frankische periode. Hij zou "hoeve bij de lieden van Godo" betekenen.

Als natuurlijke grenzen fungeren in het zuidoosten de Mombeek met zijn beemden en canadapopulieren en in het westen het uitgestrekte en beschermde Bellevuebos, zowat het grootste bosrijk gebied van Zuid-Limburg. Dit bos, gelegen op een heuvelrug, bevindt zich deels op het grondgebied van Guigoven, deels op dat van Gors-Opleeuw. Het paalt aan de Tongersesteenweg en wordt aan de westzijde begrensd door de vallei van de Winterbeek. Het Bellevuebos is een eiken-haagbeukenbos, met vrij veel populieren en elzenbroeken op de vochtige plaatsen. Vondsten van potscherven staven de Romeinse aanwezigheid in Guigoven. Brokstukken van Romeinse dakpannen, aanwezig in de koormuren van de vroegere kerk, duiden eveneens op bewoning in deze periode.

Guigoven was een leen van de graven van Loon en hoorde achtereenvolgens toe aan verschillende families. De heren van Guigoven, die gedurende drie eeuwen de heerlijkheid in bezit hadden, waren vanaf het eind van de 13de eeuw tevens burggraaf van Kolmont. Jan van Opleeuw, heer van Guigoven, was ook de eerste bewoner van het Rood Kasteel. Door het huwelijk van Oda van Guigoven met Gijs van Gelinden in 1413 kwam de heerlijkheid in het bezit van die familie. Begin 16de eeuw ging het goed dan door huwelijk over naar de adellijke familie de Blanckaert en later naar de families van Repen, de Surlet, van Printhagen en de Grunne. De laatste leenverheffing vond plaats in 1793. De hogere rechtspraak in Guigoven viel onder het buitenhof van Bilzen. Er functioneerde verder een cijnshof, en een laathof, genaamd Aldenhoven.

Het gehucht Mersenhoven ten noorden was tot voor de fusie van 1977 verdeeld over Guigoven, Kortessem en Wintershoven. Het wordt aangeduid op de Ferrariskaart (1771-77) en in de Atlas van de Buurtwegen (1844) als Hameau Mersenhoven. De oorsprong van de parochie is onduidelijk. Mogelijk werd de kerk, die lange tijd één parochie vormde met het naburige Overrepen, oorspronkelijk bediend door het kapittel van Kortessem. Het patronaatsrecht kwam in handen van wereldlijke heren; mogelijk behoorde het eind 11de eeuw aan Ida van Boulogne. In 1096 deed deze gravin verschillende schenkingen aan de abdij van Munsterbilzen, onder meer Guigoven, dat gedurende het ancien régime in het bezit van de abdij bleef. De tienden kwamen grotendeels toe aan de pastoor.

De vroegere dorpskom lag rondom de oude kerk, die in het midden van het ommuurde kerkhof stond, aan de Kasteelstraat leidend naar het Rood Kasteel. In 1850 begon men met de bouw van een nieuwe kerk, enkele honderden meters meer westwaarts en dichter bij de verkeersas van de Tongersesteenweg, waarrond zich de nieuwe kern dan ontwikkelde. In oorsprong een echt kerkdorp met een centraal gelegen bedehuis, heeft Guigoven tot op heden de basisstructuur van een middeleeuwse landbouwnederzetting bewaard. De oudste dorpskern lag dichter bij de Mombeek, terwijl de huidige gesitueerd is rond de Tongersesteenweg, de Brandstraat en de Bosweg.

Vanaf de jaren 1950 komt lintbebouwing voor aan de Tongersesteenweg en de weg naar Wintershoven. Ten oosten van de Leeuwerstraat is een recente verkaveling gesitueerd. De woonwijk "Crahay" ten noorden is op het dichterbij gelegen Kortessem afgestemd. Door deze bouwpolitiek nam de bevolking gedurende de laatste decennia toe, hetgeen mede veroorzaakt werd door de gunstige ligging als verkeersknooppunt. Intussen evolueerde Guigoven van een agrarische gemeente tot één van forenzen.

Vanaf 1904 tot 1949 deed de tram van de lijn Kortessem-Tongeren ook Guigoven aan. Er kwam een tramstation in de huidige Groenstraat.

Het molenhuis van de watergraanmolen (1667) aan de Mombeek, de in 1846 zogenaamde Guygovenmolen, aangeduid op de Ferrariskaart (1771-77) alsook in de Atlas van de Buurtwegen (1844), werd in 1856 afgebroken. Het woonhuis zou volgen in 1966. De molen, een banmolen, wordt gerekend tot de oudste watermolens van Limburg. Hij behoorde in 1096 tot de allodiale goederen van Ida van Boulogne en kwam later via schenking voor de helft toe aan de abdij van Munsterbilzen. In 1469 en nadien maakte hij deel uit van de leenroerige goederen van de plaatselijke heer.

Twee decennia geleden werd te Guigoven een kleigroeve uitgebaat voor de plaatselijke pannenfabriek "Panhoven", gelegen aan de rand van het Bellevuebos.

Oppervlakte: 353 hectare. Aantal inwoners (01-01-1999): 1.082.