Watervliet is een typische poldergemeente met kreken, gelegen tussen de Leopoldvaart en de Nederlands grens. Het middeleeuwse Watervliet verdween tijdens de grote overstroming van 1377. Het huidige Watervliet is omstreeks 1500 gesticht door Hieronymus Lauwerijn. De dorpskom is gesitueerd rondom het trapeziumvormige gemeenteplein genaamd Stee dat voorzien is van een kiosk en een publieke waterpomp. Rondom het plein bevinden zich enkele van de voornaamste gebouwen van de gemeente, de parochiekerk Onze-Lieve-Vrouw Hemelvaart met kerkhof, de pastorie, het voormalig gemeentehuis en enkele burgerhuizen. Het noord-zuid-tracee van de Molenstraat en Ketterijstraat bepaalt reeds eeuwen lang de aanblik van het dorp. Deze verbindingsweg naar Breskens loopt langsheen de Stee en wordt vooral gekenmerkt door voornamelijk 19de-eeuwse en vroeg-20ste-eeuwse burgerhuizen. Hier bevindt zich ook het Kasteel Stofvelt, een imposant 19de-eeuws herenhuis met ruime tuin en de bijhorende hoeve.

Stedenbouwkundig wordt de gemeente gekenmerkt door een merkwaardige lintbebouwing op de dijken die aangelegd werden tot de 17de eeuw om de overstromingen van de zee tegen te gaan. Deze dijkbebouwing impliceerde dat bijna alle woningen zeer ondiep en nederig zijn. Ook het centrum van Watervliet vertoont nog grotendeels deze kenmerken.