Door zijn ligging aan de oude Maasloop en de Romeinse heirbaan Tongeren - Nijmegen, kent Rekem een vroege bewoning, waarvan belangrijke neolithische, La Tène- en Romeinse vondsten getuigen.

Rekem was een vrije rijksheerlijkheid, die Rekem zelf en het gehucht Wezet (thans Daalwezet en Bovenwezet) omvatte. Oudste vermelding 1143 als Radenchen (Germaanse oorsprong). In de 13de en 14de eeuw worden Uikhoven en Boorsem toegevoegd. De heerlijkheid is achtereenvolgens in handen van de families van Rekem (12de eeuw), van Bronckhorst (1134), van der Marck (1335). In 1356 wordt het verheven tot rijksbaronie. Vervolgens de families de Sombreffe (1397), van Pirmont (1504), van der Marck (circa 1520), van Hennin (1545), van Vlodorp (1553), van Quaedt van Wyckraedt (1564) en d'Aspremont-Lynden (1590), barons, vanaf 1623, wanneer Rekem wordt verheven tot graafschap, graven van Rekem. In het Ancien Régime functioneert Rekem als een echt vorstendom met eigen munt, leger en tolkantoor.

Door de nabijheid van de stad Maastricht had Rekem gedurende de verschillende oorlogen van de 16de, 17de en 18de eeuw zwaar te lijden door plunderingen, inkwartieringen en opeisingen van de verschillende legers (voornamelijk in 1579, 1631-1632, 1634, 1674-1677, 1701-1714, 1742-1748 en 1758-1765); twee gravures van 1610 tonen de troepen van Hendrik van Nassau en de brandende kerk van Rekem.

Op juridisch gebied ressorteert Rekem onder twee schepenbanken: één voor Rekem en Uikhoven, en één voor Boorsem, die vanaf de 17de eeuw uit dezelfde schepenen waren samengesteld. Deze schepenbanken gaan ten hoofde bij de Grafelijke Raad van Rekem, het hoogste bestuursorgaan van het graafschap, soms bij de keizerlijke hoven van Spiers en Wetzlar.

Op bestuurlijk gebied staat Rekem onder twee burgemeesters, één voor Rekem en één voor Wezet.

Van 1795-1796 was Rekem kantonhoofdplaats van een zestal gemeenten, in 1802-1849 een ontvangstkantoor voor de rijksbelastingen.

De Sint-Pietersparochie is vermoedelijk van Karolingische oorsprong. De eerste kapel (10de eeuw) bevond zich binnen de muren van het kasteel. Het patronaat van de kerk wordt in 1232 door de heer aan de abdij van Hocht geschonken en in 1261 overgemaakt aan het plaatselijke norbertinessenklooster. Dit klooster was in Rekem gevestigd van 1140 tot 1795, en stond onder de geestelijke leiding van de abdij Cornelinberg, later van Beaurepart te Luik. In 1679-1684 is er een carmelietenklooster, en in 1707 wordt een minderbroedersklooster gesticht, opgeheven in 1797 en terug betrokken door dezelfde orde in 1847; in 1725 wordt er een college aan verbonden. Dit is het enige nog bestaande klooster in de gemeente.

In de tweede helft van de 19de eeuw verliest Rekem zijn betekenis ten voordele van Mechelen-aan-de-Maas, en evolueert tot een kleine landbouwgemeente. Alleen de in 1921 in het grafelijk kasteel opgerichte psychiatrische instelling is nog van enig belang. Het gebrek aan plaatselijke tewerkstelling doet Rekem in de tweede helft van deze eeuw evolueren tot een woonforenzengemeente, waarvan meer dan de helft van de actieve bevolking buiten de gemeente, voornamelijk in Maastricht, tewerkgesteld is. Sterke Nederlandse immigratie tijdens de laatste paar decennia. Ook de toeristische sector krijgt enig belang door de aanwezigheid van een omvangrijk bosareaal (40% van de oppervlakte).

De gemeente behoudt tot aan het einde van de 18de eeuw haar primitief uitzicht. Twee belangrijke ingrepen in de eerste helft van de 19de eeuw wijzigen dit: de aanleg van de Zuid-Willemsvaart, onmiddellijk ten oosten van de oude stad, en die de stad afsnijdt van het aangrenzende dorp Uikhoven, en de aanleg van de steenweg Maastricht-Maaseik (huidige N78). De gemeente valt nu duidelijk uiteen in drie delen: de oude, omwalde stad met het grafelijk kasteel, de resten van oude bebouwing in de gehuchten Bovenwezet en Daalwezet, en de nieuwe woonwijken, ten noorden en zuiden van de Populierenlaan, en aan de N78 naar Maaseik.

De oude stad vertoont in zijn huidige vorm een vrij onregelmatig dambordschema met als oost-west-as de aaneenschakeling van Kanaalstraat-Herestraat-Patersstraat-Sint-Pieter. Aan het oostelijk uiteinde van deze as ligt het kasteel van Rekem, een inplanting van Karolingische oorsrpong, met onmiddellijk ten westen hiervan het voormalige marktplein, thans Groenplaats; hier bevindt zich de Sint-Pieterskerk. De stad was voorzien van een drieledige omwalling: de eerste omwalling, daterend van 1607, omvatte het domein van het kasteel en de huidige Kanaalstraat; van deze versterking blijft een gedeelte der grachten bewaard bij het kasteel en Oude God, en een poort, namelijk de Uikhoverpoort (confer Oude God). De tweede omwalling, opgetrokken door graaf Ernest d'Aspremont-Lynden in 1625-1630, ommuurde de hele stad, met als grens de huidige Walstraat en met aan de westzijde de thans verdwenen Maastrichterpoort. Als bijkomende versterking voor het kasteel liet graaf Ferdinand d'Aspremont-Lynden tussen de twee hoger vermelde omheiningen in 1638 een derde wal bouwen (resten in de Schijfstraat) met aan het einde van de Herestraat de Isabellapoort. Deze wallen waren eveneens voorzien van een grachtensysteem, dat zijn water ontving van de Siepbeek en de Groenstraatbeek; van deze grachten zijn op verschillende plaatsen resten bewaard. De afbraak van de muren begint in 1821 en is in 1836 voltooid, op de hoger genoemde delen na. De oude structuur blijft vrij gaaf bewaard in het huidig stratenpatroon; de bebouwing bestaat voornamelijk uit 19de-eeuwse burgerhuizen, waarvan een aantal met oude kern, en enkele stadshoeven, waarvan de meeste thans buiten bedrijf; tevens enkele belangrijke herenhuizen (17de, 18de en 19de eeuw). Het stadsbeeld wordt beheerst door het imposante waterkasteel in Maasstijl, de Sint-Pieterskerk en de minderbroederskerk. Het geheel presenteert zich als een duidelijk afgebakende entiteit van een opmerkelijke gaafheid en homogeniteit.