Oudste vermelding mogelijk als Lone (938). Het woord is van Germaanse oorsprong. Borgloon is gelegen op het zogenaamd massief van Borgloon, dat zich tot 131 meter boven het zeeniveau verheft. Door gestadige erosie vertoont het sterke denivellaties (circa 65 meter), zodat het landschap over het hele grondgebied vrij heuvelachtig is. Het massief wordt ten noorden begrensd wordt door de zogenaamde steilrand van Borgloon; dit talud van het Haspengouws plateau vormt de grens tussen Droog-Haspengouw ten zuiden en Vochtig-Haspengouw ten noorden, tevens tussen Laag- en Midden-België; hier daalt het zuidelijk gelegen Haspengouws plateau op zeer abrupte wijze naar het noorden, tot 60 meter. In zuidelijke richting verheft het massief zich ruim 30 meter boven de zogenaamde schiervlakte, ten zuiden van de lijn Heks, Bommershoven, Jesseren en Piringen. Het historische landschap rondom Borgloon werd gekenmerkt door het grote areaal boomgaarden, zie Ferrariskaart (1771-77); hiervan bleven nog vrij veel resten bewaard. Buiten deze gordel van boomgaarden lag het akkergebied; dit is nog steeds zeer duidelijk in het zuiden van de gemeente. De heuvel ten zuiden van de kerk en de Borchgracht was oorspronkelijk een wijngaard, vermeld in 1340. Sinds 1963 wordt in de gemeente opnieuw aan wijnbouw gedaan. Vooral in het zuiden van de gemeente is het landschap zeer merkwaardig: het aandeel van de hoogstamboomgaarden is nog steeds groot, de bebouwing voor Vlaanderen relatief beperkt, terwijl het Manshovenbos (zie Manshoven en Heers, Heks) een belangrijke landschappelijk-historische en biologische waarde heeft. Bovendien heeft dit gebied een grote dichtheid aan holle wegen.

Van de Romeinse bewoning getuigen verschillende vondsten, onder meer gedaan tijdens nivelleringswerken aan de Borchgracht (1871), in het zuidelijk transept van de parochiekerk, en in een weide tussen Borgloon en Kerniel. De heirbaan Tongeren-Cassel doorkruiste het grondgebied via de Bollenberg, ten zuiden van het centrum, evenals de antieke weg Trier-Nijmegen over Ombret en Hasselt.

De keuze van Borgloon als caput comitatus van de graven van Loon heeft waarschijnlijk te maken met de hoge ligging van de plaats en haar strategisch belang op de meest bedreigde grens van het graafschap, namelijk die met Luik. Zij bouwen hun burcht op één van de hoogste heuvels, waarschijnlijk in de tweede helft van de 10de eeuw. Hij wordt opgericht op een artificiële heuvel, en in de onmiddellijke nabijheid wordt de kerk gesticht (zie Speelhof). De bebouwing en bewoning concentreert zich rondom deze burcht-residentie van de graven.

In 1171 wordt Lodewijk I, graaf van Loon, in zijn burcht belegerd door graaf Gillis van Duras, bijgestaan door de Truienaren; hij sterft tijdens het beleg en wordt begraven in de kapel van Graethem (zie Graethempoort), die hij had gesticht. In 1180 belegert prins-bisschop Raoul de Zähringen, samen met de milities van Sint-Truiden, graaf Gerard; burcht, kerk en omgeving worden verwoest; in hetzelfde jaar ondergaan de andere grafelijke burchten van Brustem, Bilzen en Montenaken hetzelfde lot. Vóór 1232 verplaatsen de graven hun residentie naar het kasteel van Kuringen. Tegelijk wordt de Edele Leenzaal, het feodale hof, naar Kuringen overgebracht en het muntatelier naar Hasselt. De abdij van Herkenrode wordt de officiële begraafplaats van de graven. Geleidelijk aan verliest Borgloon zijn functie van hoofdplaats aan Hasselt. Eén van de redenen voor deze verschuiving is waarschijnlijk het feit dat de ontwikkeling van Borgloon als stad sterk belemmerd werd door haar ongunstige ligging op korte afstand van de welvarende steden Sint-Truiden en Tongeren.

De burcht wordt beheerd door een borchgraef. Deze functie wordt een erfelijk leen van de graven van Loon, begiftigd met goederen en renten, onder meer de Wijngaardmolen te Broekom. Na het verval van de burcht blijft de functie bestaan als een erfelijke, honoraire titel. Het burggraafschap was op verschillende tijdstippen in handen van de families van Herck (eerste helft 13de eeuw) en van Sassenbroeck (?), (eerste helft 14de eeuw). Vervolgens komt het in het bezit van de heren van Veulen (zie Heers, Veulen). De laatste burggraaf was François-Joseph-Charles-Marie d'Argenteau; hij protesteert tegen de verkoop van de Borchgracht in 1823.

Vóór 1200 heeft Borgloon reeds het statuut van stad ontvangen. De stad bezat een omwalling en vier poorten: de Keulerpoort, ook Nerempoort of Akense poort genoemd, gelegen aan de huidige kruising Trapkensstraat-Graaf, aangeduid op de tekening van Remacle Le Loup, de Graethempoort, de Wellerpoort of Hasseltse poort aan de Wellenstraat-Statiestraat, en de Steenpoort of Tongerse Poort, aan de Tongersestraat-Tongersesteenweg. Na de aanhechting van het graafschap Loon in 1366 bij het prinsbisdom Luik krijgt Borgloon het statuut van Bonne Ville. De omwalling was grosso modo ook een juridische grens: voor de binnenstad en de aangrenzende wijken Gratendries, Gillebroek, Terlocht en Nerem was de binnenbank, die het Luiks recht volgde, bevoegd; de Loonse buitenbank, of bank van Graethem, sprak recht voor Gotem, Heks, Hendrieken, Kerniel-Rullekoven en Kuttekoven, en ook over afhankelijkheden van de Loonse cijns- en laathoven.

De stad was zetel van een drossaardschap en een fiscaal kwartier, dat het grootste deel van het graafschap besloeg. In 1795 wordt de stad zetel van een gerechtelijk kanton.

In Borgloon fungeren zeven ambachten -smeden, bakkers, brouwers, slachters, wegers, schoenmakers en kremers-, waar dat in Sint-Truiden en Tongeren tussen de twaalf en dertien is. Vanaf 1418 kiest elk ambacht twee gemeenteraadsleden uit hun eigen kring, en elk jaar twee burgemeesters. Dit democratische regime wordt gewijzigd door prins-bisschop Joseph-Clément de Bavière in 1695, in het kader van zijn absolutistisch beleid: de ambachten kiezen jaarlijks elk nog slechts één raadslid, de prins-bisschop benoemt zeven vaste raadsleden. In 1760 worden de ambachten door prins-bisschop Jean-Théodore de Bavière afgeschaft en vervangen door vier kamers. Interessant te vermelden is een stedelijk reglement van 1703, dat het afdekken met strooien daken verbiedt. Op het grondgebied fungeerden verschillende laathoven: van Gothem; van Heers; kapittelhof, toebehorend aan het kapittel van de Sint-Odulphuskerk; Manshoven (zie Manshoven); Sint-Odulphus; van Petershem, van de prinsbisschop van Luik; Wijngaerdsmolen, van de Zusters van Loon; het hof van Nederheim (zie Neremstraat).

Borgloon had een rederijkerskamer, de Goutbloeme, die in het Grevenhuis, het huidige stadhuis vergaderde, en twee schuttersgilden. Borgloon heeft in de loop van zijn geschiedenis dikwijls te lijden van belegeringen en plunderingen. Zo in 1461 en in 1466, tijdens de opstand van Luik tegen prins-bisschop Louis de Bourbon, als Adolf van Cleef, heer van Ravesteyn, na de slag van Brustem, de stad aan het hoofd van zijn Bourgondische troepen binnentrekt en laat plunderen. In 1482 verwoesting van de stad door de Brabantse troepen van aartshertog Maximiliaan van Oostenrijk. Stad en kerk worden in 1491 geplunderd door Jehannot-le-Bâtard, die voor Robert de La Marck streed in de burgeroorlog tussen de familie de La Marck, gesteund door de Franse koning, en de prins-bisschoppen Louis de Bourbon en Jean de Hornes (1483-1505), met aan hun zijde Maximiliaan van Oostenrijk. In 1568 wordt de kerk geplunderd door de troepen van de prins van Oranje, in 1577 opnieuw door de staatse troepen. In 1604 en 1606 wordt de stad bezet door Spaanse troepen. Tijdens de Dertigjarige Oorlog en zijn nasleep bezetting in 1629 door de keizerlijke troepen onder generaal de Tilly, in 1636 door de Kroatische troepen van Jan van Weert; in 1654 belegering door de hertog van Lorreinen; de stad wordt ingenomen en geplunderd; de negen begijnhofhuizen worden tijdens het beleg platgebrand. In 1675 bezetting door het Franse garnizoen van Maastricht, tot aan de Vrede van Nijmegen in 1678. Bezetting tijdens de Negenjarige Oorlog in 1691 door Franse troepen, tijdens de Spaanse Successie-oorlog in 1702 gevolgd door een bezetting van de geallieerde troepen onder de hertog van Malborough; pas in 1713 wordt de stad opnieuw overgedragen aan de prins-bisschop. Tijdens de Oostenrijkse Successie-oorlog heeft de stad in 1746-1747 te lijden van Hongaarse en Franse troepen.

In de 17de eeuw wordt de stad, als gevolg van de oorlogsactiviteiten herhaaldelijk geteisterd door pest en andere epidemieën, met als hoogtepunt het jaar 1636 toen 231 sterfgevallen geteld werden, een belangrijk deel van de toenmalige bevolking.

De juiste omschrijving van de oorspronkelijke parochie van Borgloon is vrijwel onmogelijk te achterhalen: beperkte ze zich tot de kerken van Groot-Loon en Broekom, of hoorden ook Kuttekoven, Jesseren, Mettekoven en Gutschoven er bij? De Sint-Odulphuskerk is een zeer oude stichting en bestond mogelijk reeds vóór de graven van Loon er hun burchtkapel van maakten. De kerk wordt waarschijnlijk eind 10de - begin 11de eeuw een collegiale. De graven van Loon stonden in voor de dotatie van de prebenden en bezaten het begevingsrecht. Na de inlijving van Loon bij Luik genoten de prins-bisschoppen er dezelfde voorrechten. Het kapittel bezat zes cijnshoven: het kapittelhof te Borgloon, het hof te Ham onder Hoepertingen, het hof te Nerem (zie Neremstraat), het hof te Egoven bij Mechelen-Bovelingen, het Hof te Ketsingen ('s-Herenelderen, Tongeren) en het hof te Sassenrode onder Rummen (provincie Brabant). Bovendien had het kapittel de heerlijkheid van Booienhoven (Brabant) in eigendom.

Het begijnhof van Borgloon ontstond rondom de kapel van het hospitaal, bediend door de Johannieters, te Graethem, bij de stadspoort (zie Graethempoort). Van het begijnhof rest thans nog enkel de kapel, die deel uitmaakt van het hospitaal van het OCMW van Borgloon. In 1647 vestigen de brigittijnen zich in Borgloon en bouwen er hun klooster (1647-1664, zie Nieuwland).

De Markt is in het middeleeuwse Borgloon het centrum van de stad; dat dit nu niet meer zo ervaren wordt, is te wijten aan het feit dat begin 19de eeuw het kloosterpand van het kapittel op het Speelhof voor het grootste gedeelte wordt afgebroken, evenals de kapittelzaal, en dat het kerkhof, dat op de vrijgekomen plaats wordt ingericht, verdwijnt in 1850; hierdoor ontstaat een ruim plein naast de kerk, dat thans de eigenlijke centrumfunctie vervult. De vorm van de stad, die deze van de oorspronkelijke omwalling nog weerspiegelt, is ovaalrond, met het oorspronkelijk zwaartepunt, de Markt, iets zuidwestelijk gelegen van de centrale noord-zuid-as. Het tracé van de stadsomwalling is nog duidelijk herkenbaar in de opeenvolging van straten, zogenaamd de Graaf. De historische hoofdas, die nog steeds deze functie vervult, is de westoost-as, gevormd door een aaneenschakeling van straten en pleinen: via de Graethempoort bereikt men de Graethemstraat en Abbeelplaats, die trechtervormig uitmondt op de markt, waar zich het stadhuis bevindt; de Papenstraat verbindt de Markt met het Speelhof; hier bevindt zich de Sint-Odulphuskerk, en vroeger ook de kapittelgebouwen en de grafelijke burcht, op het uiterste zuidelijke punt van de stad; de Steenstraat en Tongersestraat leiden verder naar de Tongerse- of Steenderpoort. De belangrijkste, historische verkeersader doorheen de stad was de Kroonstraat, die de Graethempoort met de Tongerse poort verbond. Hier lagen verschillende herbergen en afspanningen. De overige wegen zijn secundair, onder meer de Wellenstraat, de historische uitvalsweg in noordelijke richting. De naam Nieuwland voor een aantal straten in het noordoostelijk kwartier van de stad wijst op de late ingebruikname van dit gedeelte, dat trouwens nog steeds door een aantal open percelen wordt gekenmerkt. De steenweg van Sint-Truiden naar Tongeren-Maastricht wordt aangelegd in 1819-1820. Hij liep doorheen de stad, en sluit daarbij aan bij de hogervermelde, historische hoofdas. Na 1960 werd de doorgang door de stad verlegd via een weg ten zuiden van het centrum. De wegen naar Nerem, de zuidelijke uitvalsweg, Wellen, de noordelijke uitvalsweg, en Gielenbroeck, de weg naar Kerniel, worden in 1842 geplaveid. De N754 is een recente omleiding, die de oude weg naar Wellen vervangt. Het is vooral de aanleg van de spoorlijn Tongeren - Sint-Truiden via Borgloon in 1879, die de stad uit haar isolement haalt. De fruitteelt groeit vanaf einde 19de eeuw uit tot een industrie, waarbij het historisch reeds omvangrijke boomgaardareaal zich in de loop van de eerste helft van de 20ste eeuw steeds verder uitbreidt. Tot het midden van deze eeuw was het landschap praktisch volledig met hoogstamboomgaarden beplant. Omwille van het moeilijke verzorgen en oogsten, waardoor een lager rendement, en de E.E.G. rooipremiewet van de jaren 1970 werden de hoogstamboomgaarden in de volgende decennia geleidelijk aan vervangen door laagstamplantages. Toch behield Borgloon in vergelijking met andere gemeenten uitzonderlijk veel hoogstamboomgaarden, met zelfs een lichte toename in het laatste decennium door de stijgende belangstelling voor het historische landschap en oude fruitsoorten, gesteund door een premiestelsel.

Borgloon is thans een landelijke gemeente, georiënteerd op de landbouw met nadruk op fruitteelt (fruitveiling), met enkele kleine bedrijven, en fungeert tevens als klein regionaal centrum met onder meer markten, administratie en scholen. De fruitverwerkende nijverheid, in het bijzonder de stroopindustrie, die vanaf de tweede helft van de 19de eeuw zeer belangrijk was, verloor na de Tweede Wereldoorlog geleidelijk haar belang, en is thans vrijwel volledig verdwenen (zie Stationsstraat). Oppervlakte: 1.020 hectaren. Aantal inwoners: 3.308.