De oudste vermelding als Haletra dateert van 1107. Andere schrijfwijzen zijn: Haletre (vóór 1108), Halechtra (1178), Halecgtra (1254), Halegthra (1256), Halegtra (1261), Halegthre (1281), Halegteren (1282), Halechtre (1295), Halgteren (1349), Halchteren, (1354), Halcteren (1356), Helchteren (1367), Halchtre (16de eeuw), Hellichteren (1637), Halachta, Helcteren (1649). Niet minder dan zeven betekenissen zijn bekend voor deze plaatsnaam: heiligenhuis of kalkhuis, barre streek, hazelarenbos, heilige boom, strook land (halster), teenwilgengebied en jeneverbessengebied, laatstgenoemde door Dr. J. Molemans.

Helchteren ligt op 70 meter boven de zeespiegel. De Laakerbeek vormt een natuurlijke zuidgrens met het naburige Houthalen. De Schansbeek loopt ten oosten van de excentrisch gelegen dorpskern, de Winter- en Sonnisbeek ten westen ervan. In de Atlas van de Buurtwegen (1845) worden verder volgende oude geografische elementen aangeduid: de Vincker beek in het gelijknamige gehucht en de Kleinbeek ten westen van de dorpskern. Tot aan het einde van de Eerste Wereldoorlog bestond Helchteren bijna uitsluitend uit heide en bossen. De huidige Hoeverheide en Helchterenbos ten noordwesten worden op de Ferrariskaart (1771-77) nog met Bruyere de Helchteren aangeduid. De bebossing aldaar kwam er pas in de loop van de tweede helft van de 19de eeuw. In dezelfde cartografische bron worden duinen aangeduid ten noorden en ten westen, op de plaatsen die thans respectievelijk de topografische namen Witte Bergen en Kraanberg dragen. Relicten van dit duinenlandschap bleven bewaard. De abdij van Sint-Truiden bezat in Helchteren vijf visvijvers: de molenwijer bij de windmolen, de doelwijer voor het kasteel Ter Dolen, de wijer bij de hoeve Op den Bosch, een wijerke in de Stapelriet en de Heraert-wijer boven de Laker vennen. In de Atlas van de Buurtwegen (1845) wordt verder de thans niet meer bestaande, enkel toponymisch bewaarde Kruis Weijer aangeduid.

Op de Ferrariskaart (1771-77) komt maar één enkele gehuchtsnaam voor: Hameau Sonnen, het huidige Sonnis, ten noordoosten van de dorpskern gelegen, waarbij Son een waternaam is. In de Atlas van de Buurtwegen (1845) treft men volgende gehuchtsnamen aan: Hoef ten zuidwesten, Broek ten westen, Vinck, Kunsel en Sonnis, alledrie ten noordoosten. Al deze nederzettingen zijn thans niet meer als aparte entiteit herkenbaar.

De oudste gevonden voorwerpen stammen uit het epipaleolithicum (circa 10.000 - circa 8.000 vóór Christus). Op de Sonnisse Heide werden resten uit het meso- en neolithicum, (vuur)stenen en bijlen, aangetroffen. Eind 19de eeuw werd in Helchteren een Romeinse muntschat ontdekt. De antieke weg Tongeren-Hasselt loopt er naar het noorden.

Bestuurlijk behoorde Helchteren onder het drossaardschap van de streek Loon-Hasselt-Wuestherk en Beringen. Helchteren was een heerlijkheid vermoedelijk sinds de 7de eeuw toebehorend aan de abt van Sint-Truiden, die er een buitenverblijf en jachtslot had, het kasteel Ter Dolen of Ten Dool. De totale opppervlakte van de bezittingen van de abdij in Helchteren bedroeg in 1693 circa 145 bunder (= circa 127 hectare). Over dit domein oefenden de graven van Loon sinds de 13de eeuw de voogdijrechten uit. In 1261 worden de graaf van Loon en een zekere Wilhelmus, zoon van de heer Gerard van Bucth, als voogden van Helchteren vermeld. Abt Willem van Rijkel tekent aan dat de graaf van Loon hem in 1252 schade had berokkend door zich de helft van de goederen van sommige afgestorven onderdanen van de abdij te Helchteren toe te eigenen, een recht dat de graaf sedert lange tijd had opgezegd. In 1281 kocht de abdij deze voogdijrechten af van Arnold V, graaf van Loon, evenals de landsheerlijke rechten. Laatstgenoemde rechten bestonden in de hogere en criminele jurisdictie en bijgevolg benoemde de abt er de schout en de schepenen. Men ging ten hoofde bij de schepenen van Sint-Truiden. Zo nodig ging men nog verder in hoger beroep te Aken voor het keizerlijk hof. Eertijds zetelde de schepenbank in de open lucht op het dorpsplein voor het kerkhof, maar vanaf het begin van de 16de eeuw bezat ze zeker een zogenaamd. dinghuis. Op een kaart van Helchteren van 1693 is duidelijk een galg aangeduid, aldaar ‘t Gericht genoemd. Ze bevond zich langs een zandweg die van de Hoevestraat naar de Kraanbergen liep. Deze plaats had ook de naam van Kermensberg.

Helchteren was verdeeld in vier wijken: het Dorp, de Hoef, het Kunsel en het Sonnis, die elk jaar hun vertegenwoordigers kozen voor het bestuur. Per wijk waren er waarschijnlijk twee leden. Onder hen werden er twee aangeduid als burgemeesters. Directe onderdanen van de abdij van Sint-Truiden, zoals pachters en molenaars, mochten niet gekozen worden tot dit ambt. Nu en dan is er sprake van een gemeentesecretaris, doorgaans de kapelaan van de parochie. De Franse revolutie maakte een einde aan deze bestuurlijke indeling. De inning van het tolrecht, dat geëist werd van vreemdelingen die Helchteren binnenkwamen met gespan of vee, en het op marktdagen geïnde staangeld werd verhuurd.

Eertijds bestonden te Helchteren drie schuttersgilden, waarvan de oorsprong te zoeken is in de oude burgerwacht van het kasteel Ter Dolen. Er was er één voor het dorp, voor het Sonnis en voor het Kunsel. Daar al in 1536 sprake was een altaar toegewijd aan Sint-Joris en Sint-Lucia in de Sint-Trudokerk, kan men de oprichting van de schutterijen met deze patroonheiligen vóór dit jaar plaatsen, terwijl men de schutterij van Sint-Trudo als de oudste schuttersgilde van Hechteren kan beschouwen. Op 30 december 1634 vroegen enkele inwoners van Helchteren een schans te mogen opwerpen op grond ten oosten van het kasteel Ter Dolen. Ze wordt aangeduid op de kaart van de heerlijkheid Helchteren, in 1695 aangemaakt wellicht door Lambert Warnouts, waar deze met watergracht omgeven versterking van regelmatige, nagenoeg vierkantige vorm op het gehucht Sonnis wordt gesitueerd tussen de Kunsel Straete en de weg van Peer naar Hasselt. Zij moet ten laatste tegen het eind van de 18de eeuw zijn verdwenen, daar noch op de Ferrariskaart (1771-77), noch in de Atlas van de Buurtwegen (1845) enig spoor ervan is terug te vinden. Ten zuiden van het kruispunt van de Damstraat met de Eynderweg is op de huidige kadasterkaart een trapeziumvormige, quasi rechthoekige schans aangeduid en aldaar De Schans genoemd. De nabije Schansbeek voedde de grachten van dit verdedigingswerk.

Het dorp bezat een school vanaf de vroegste tijden. Misschien kreeg Helchteren rond 1853 een eerste officiële school. De lokalen droegen de nummers 3 en 4 op het dorpsplein, op de hoek van de Bosstraat. Een deel ervan diende als postkantoor. Rond 1865 of iets later werden deze oude lokalen verlaten. Een nieuw schoolcomplex met gemeentehuis werd opgericht op het dorpsplein, aan het begin van de toenmalige Hondsstraat, de huidige Kazernelaan (Sint-Trudoplein 14). Ten tijde van de schoolstrijd (1879-84) werd een gebouw in de dorpskom aangekocht, dat gelegen was op het dorpsplein en in de Bosstraat en de zagerij van Jan Lochten herbergde, waarin een vrij schoollokaal en een onderwijzerswoning werden ingericht. Op 12 november 1879 waren beide klaar. In 1884 werd de officiële school in stand gehouden en werd de katholieke aangenomen. Bij Koninklijk Besluit van 9 november 1889 werd de officiële school afgeschaft. Tot einde 1901 was het onderwijs altijd gemengd. Op 28 oktober 1901 kwamen de Zusters van Sint-Philippus Neri van Sint-Niklaas in Helchteren aan. Zij ontfermden zich over het onderwijs voor meisjes in de lagere school en voor de kleine kinderen in de bewaarschool. Beide werden ingericht in het gebouw dat vroeger als vrije school had gediend. In de eerste jaren na de Eerste Wereldoorlog was de aangenomen jongensschool weer gemengd. In 1935 kwam er een eerste nieuwbouw voor de meisjes langs de Grote Baan en de Bosstraat. In 1939 was men door de bevolkingstoename verplicht de oude jongensschool te vernieuwen en te vergroten met vier nieuwe lokalen. In 1953 bouwden de Zusters van Sint-Philippus Neri in de Maastrichtsestraat een klooster en een geheel nieuwe, in 1994 uitgebreide meisjesschool. De oude jongensschool verhuisde na 1981 naar Muveld, waar een nieuwbouw werd opgetrokken. In 1954 werd in de afgedankte meisjesschool de technische school Don Bosco opgericht. Later werd een op 17 juni 1956 ingewijde en diverse malen uitgebreide nieuwbouw opgetrokken in de toekomstige Don Boscostraat, bestaande uit een weeshuis en een technische school, naar ontwerp van architecten Bressers (Gent) en Ceelen (Helchteren). Op 9 september 1942 werd er een bewaarschooltje opgericht in het gehucht Sonnis, dat na de Tweede Wereldoorlog tot een heuse school uitgroeide met lokalen voor de twee eerste leerjaren.

Er rezen eeuwenlange geschillen met de naburige gemeenten over de gemene heidegronden. Al aan het eind van de 14de eeuw was er een betwisting met Hechtel. De grens tussen Helchteren en Peer werd vastgelegd in 1338. Toch waren er nadien nog grensschendingen tussen beide dorpen, zoals in 1563 en 1726. In 1441 werden de grenzen met Houthalen, Zolder en Koersel gedetermineerd. Maar vóór en na die vastlegging waren er heidetwisten: in 1427, 1514, 1619 en in 1777. Pas in 1820, onder koning Willem I, werden de grenzen van Helchteren definitief afgebakend. Kort na 1350 moest de abdij van Sint-Truiden Helchteren los kopen van de bescherming van de heer van Schoonvorst, broer van de in 1350 overleden abt, die Helchteren toen bezet hield. Onder het bestuur van abt Robert van Craenwick (1350-66) viel Hendrik van Halbeek, één van de rivalen van de abt, in 1361 Helchteren aan. Hij plunderde het dorp, stak de hoeve Ter Dolen in brand en nam enkele inwoners gevangen. Op 24 augustus brandde hij het kasteel Ter Dolen plat. In maart 1365 viel hij weer Helchteren binnen, maar de inwoners verdedigden zich. Op 3 juni 1365 viel hij het dorp weerom aan en stak de kerk en acht huizen in brand. In 1615 begon de lange rij inkwartieringen en militaire opeisingen, die het gehele ancien régime voortduurden.

Tijdens de Spaanse Successieoorlog deed de hertog van Marlborough ook in Helchteren van zich spreken. Zo waren de inwoners in 1707 verplicht rantsoenen te leveren en werd in datzelfde jaar Petrus Schepers door een soldaat neergeschoten. In 1779 stierven 36 inwoners aan buikloop. Onder het Franse bewind werd het dorp, dat toen deel uitmaakte van het departement Nedermaas, zoals alle gemeenten, het slachtoffer van stelselmatige opeisingen. Op 5 december 1792 trokken Franse patriotten door het dorp. Ze gedroegen zich goed en betaalden al hun verteer. In 1794 werd Helchteren ingedeeld bij het kanton Beringen, in 1795 bij Bree en tenslotte in 1796 bij Peer. Op 12 maart 1799 werden de kapellen afgebroken. In februari 1800 werd het dorp, dankzij een nieuwe wet, weer een zelfstandige gemeente.

In 1831 vielen de Nederlanders België binnen en raakten op 5 augustus in Beringen en Hechtel slaags met de Maasschutters der Belgische troepen. De Belgen trokken zich terug naar Helchteren en later naar Houthalen, waar beide legers op 6 augustus slaags raakten. De veldtocht duurde tien dagen, waarna een wapenstilstand werd getekend. Sinds 5 juni 1839 behoorde Helchteren tot het bestuurlijk arrondissement Maaseik en het gerechtelijk arrondissement Tongeren en werden zijn zaken gepleit voor het vredegerecht van Peer. Pastoor Felix Germanes stichtte onder zijn pastoraat (1887-1923) de Limburgse Zuivelbond, een verbond van samenwerkende melkerijen.

Tijdens de Eerste Wereldoorlog waren meermaals Duitsers in het dorp ingekwartierd, onder meer in de pastorie, de gemeenteschool en de schoollokalen der zusters. In 1917 verbleven tevens 250 Duitse soldaten op het kasteel Ter Dolen, waar ze vernielingen aanrichtten. Op 4 mei 1940 bereikten de eerste Duitse troepen het kruispunt van Helchteren en bezetten op korte tijd het gehele centrum. Op 7 september 1944 was het eerste gedeelte van Helchteren, van aan de Hoeverstraat, thans De Hoef genoemd, tot aan het gemeentehuis, van Duitsers bevrijd. Op 8-9 september werd hier hevig slag geleverd tussen Engels-Ierse en Duitse troepen. Vooral de inwoners van de gehuchten Kunsel en Sonnis kregen heel wat te verduren. De terugtrekkende vijand stak de huizen met handgranaten in brand. De windmolen werd totaal vernield en een hele reeks huizen ging in de vlammen op. De gebouwen van het in Helchteren gelegen militaire kamp, alsook een aantal officierswoningen, werden door brand vernield. De diverse malen door granaten getroffen kerk was ook fel beschadigd. Bovendien werden een tiental inwoners uit wraak door de Duitsers neergeschoten. Militairen die sneuvelden in Helchteren werden begraven op het aan de Kazernelaan gelegen militaire kerkhof. In 1975, bij de oprichting van de fusiegemeente Hechtel-Eksel, werd de Helchterense wijk Bungalowpark aan die gemeente aangehecht.

Pippijn van Herstal (= 714) schonk aan de abdij van St.-Truiden uitgestrekte goederen in de Kempen. Van dit uitgebreide domein maakte ook Helchteren deel uit. De parochie van Sint-Trudo, opgericht tussen 1107 en 1178, ressorteerde onder het aartsdiakonaat der Kempen en het landdekenaat Beringen. Ze was vermoedelijk een afgesplitste dochterkerk van Peer. De patronaatsrechten en de tienden waren in handen van de abdij van Sint-Truiden. In de praktijk kwam dit erop neer dat de grote tienden, voornamelijk graan, geheel of gedeeltelijk (2/3) naar de abdij van Sint-Truiden gingen, terwijl de kleine tienden als gedeeltelijke vergoeding voor de pastoor dienden. Als tegenprestatie moest de abdij een deel van de onderhoudswerken en herstellingen aan de kerk voor haar rekening nemen. Het kasteel Ter Dolen had bovendien een slotkapel, ingewijd op 16 juni 1649 ter ere van Onze-Lieve-Vrouw en Sint-Trudo.

Helchteren was steeds een typische Kempische landbouwgemeente met verspreide bebouwing, die na de aanleg van de wegen Luik - ’s Hertogenbosch (1768-88), en Heusden - Bree en de oprichting van een station aan de lijn Hasselt - Eindhoven enigszins ontsloten werd. Het in 1968 gesloopte station behoorde tot het type Luik-Limburg II. In vroegere tijden zorgden heide- en zandwegen voor een primitieve verbinding met de omliggende dorpen en de verder afgelegen gebieden. In 1770 waren de werken aan de in 1739 begonnen en in 1788 aan de Hollandse grens geraakte steenweg Luik - Eindhoven - ’s Hertogenbosch tot Helchteren gevorderd. Deze as kruist de west-oostas, gevormd door de vanaf 1908 aangelegde baan Heusden - Helchteren - Bree. In 1865-66 kwam de thans verdwenen, deels tot fietspad omgevormde spoorweg Hasselt-Eindhoven, met eveneens verdwenen station in Helchteren, tot stand.

Sociale woningbouw verrees in de tweede helft van de 20ste eeuw door toedoen van het Kempisch Tehuis en de Nationale Landmaatschappij. De wijk rond het Koningsplein, ten westen van de Eynderweg, werd door het Kempisch Tehuis in 1962 uitgebouwd, getuige een hardstenen gedenkplaat aldaar. Sociale woningen treft men ook aan langs de Wever-, Kruisven-, Technische School-, Verbindings-, Loer- en Heuvelstraat, de Europarklaan, de Steenbergwijk, ‘t Hert, het Broekerveld en de Hooiweg. Nieuwbouw in het algemeen heeft, zoals gezegd, de vroegere gehuchten met elkaar verbonden.

Vermelden we tenslotte dat een tweebeukige langgevelboerderij uit Helchteren (1815, confer jaartal in haardbalk) met ordonnantie: dwarsschuur met tas en dorsvloer-potstal-woonhuis naar het Openluchtmuseum Bokrijk werd overgebracht.

De eerste ontginningen op het domein van de abdij van Sint-Truiden dateren van de 13de - 14de eeuw. De abdij bezat volgende hoeven in Helchteren: Ter Dolen, vooreerst vermeld in 1361, en Op den Bosch, waarvan vooreerst sprake begin 16de eeuw. Daarbuiten werden nog andere gronden door de abdij verpacht.

Begin 16de eeuw bezat de abdij in Helchteren een houten graanwindmolen, een banmolen, gelegen ten noordoosten van het kasteel Ter Dolen, aan de weg die over De Vink naar de Peerderdijk leidde. Hij wordt aangeduid op de Ferrariskaart (1771-77) en in de Atlas van de Buurtwegen (1845), alhier ten westen van de huidige Eikelbosstraat. Op de huidige kadasterkaart verwijzen de toponiemen Molenveld en Op de Molenstraat er nog naar. Een tweede windmolen, een stenen bergmolen, werd in 1874 in de Windmolenstraat opgericht en in september 1944 gesloopt. In 1612 waren er in het dorp drie brouwers en acht taveernehouders.

De oprichting in 1907 en de inwerkingstelling in 1930 van de steenkoolmijn Helchteren-Zolder, waarvan de installaties op Zolders grondgebied liggen, alsook de opening van die van Houthalen in 1939, wijzigde drastisch het uitzicht van de gemeente, onder meer door een sterke inwijking. Op 30 september 1992 werd de laatste klomp steenkool in Helchteren bovengehaald. Vanaf circa 1980 won ook de toeristische sector aan belang met het Domein Molenheide, een ten noordoosten gelegen recreatiedorp met camping en zwembad, annex het gelijknamige wild- en wandelpark.

Een derde van het grondgebied van Helchteren wordt ingenomen door een militair domein met kazerne, laatstgenoemde ten noorden van de Kazernelaan. De oefenterreinen liggen daarentegen aan de noordwest- en zuidoostuithoek van de gemeente. Vlak vóór de Tweede Wereldoorlog was Helchteren immers een kazernedorp geworden. Kort daarop nam de Duitse bezetter de gebouwen in bezit. Na de Tweede Wereldoorlog was het de beurt aan het 31ste Artilleriebataljon om zich in het dorp te vestigen. De kazerne werd daarna opleidingscentrum van de Landmacht, vervolgens onderdeel van de 10de Wing van de Luchtmacht. Sinds 1985 is het weer de beurt aan de Landmacht met de 2de Artillerie en de 68ste Compagnie Genie. Helchterense eenheden hebben de laatste jaren gediend in ex-Joegoslavië, meer bepaald in de Oost-Slavonische Baranja.

Ten noordoosten van de Grote Baan ligt thans het Industrieterrein Helchteren, het enige in het dorp.

Oppervlakte: 3.200 hectare. Aantal inwoners: circa 559 (ancien régime), 594 (1795), 1.174 (1930), 5.083 (1977, bij de fusie), 6.542 (1997).